PDB-3d8s: Thermus thermophilus Uroporphyrinogen III Synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8s

タイトル

Thermus thermophilus Uroporphyrinogen III Synthase

要素

Uroporphyrinogen-III synthase

キーワード

LYASE / heme biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schubert, H.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure and mechanistic implications of a uroporphyrinogen III synthase-product complex.
著者: Schubert, H.L. / Phillips, J.D. / Heroux, A. / Hill, C.P.

履歴

登録	2008年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8s.cif.gz	111.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8s.ent.gz	85.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d8s_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d8s_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	3d8s_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	3d8s_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d8nC 3d8rC 3d8tC 1jr2 1wd7 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ijx-3 3d8t-1 1wd7-1 1nf2-3 6guq-d 4oen-1 5c4n-d 1rz4-d 5ore-d 3x37-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen-III synthase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.860, 63.241, 90.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen-III synthase 分子量: 31376.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: TT_C0312 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72KM1, uroporphyrinogen-III synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, MES, MgOAc, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月27日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16593 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 1.166 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	0.689	1627	1.065	1	99.9
2.07-2.15	0.505	1634	1.038	1	100
2.15-2.25	0.422	1604	1.073	1	100
2.25-2.37	0.32	1642	1.067	1	100
2.37-2.52	0.243	1645	1.062	1	100
2.52-2.71	0.186	1642	1.028	1	100
2.71-2.99	0.132	1644	1.096	1	100
2.99-3.42	0.078	1677	1.184	1	100
3.42-4.31	0.052	1684	1.463	1	100
4.31-50	0.044	1794	1.587	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.86 Å
Translation	2.5 Å	29.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 9.648 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	833	5.1 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.207	16464	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1923	0	6	115	2044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	2.018	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.145	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.133	22.561	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.786	15	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.426	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.057	1.5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.782	2	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.553	3	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.971	4.5	690

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	70	-
R_work	0.235	1110	-
all	-	1180	-
obs	-	-	97.93 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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