PDB-3d82: Crystal structure of a cupin-2 domain containing protein (sfri_35...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d82

タイトル

Crystal structure of a cupin-2 domain containing protein (sfri_3543) from shewanella frigidimarina ncimb 400 at 2.05 A resolution

要素

Cupin 2, conserved barrel domain protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Domain of Unknown Function with a Cupin Fold (YP_752209.1) from SHEWANELLA FRIGIDIMARINA NCIMB 400 at 2.05 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d82.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d82.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d82_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d82_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	3d82_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3d82_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cp0-d 1l7m-1 6rxr-3 4cp1-d 6rxr-2 6q6j-1 6rxq-3 4aly-2 6vop-d 4mlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 387127

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cupin 2, conserved barrel domain protein

B: Cupin 2, conserved barrel domain protein

C: Cupin 2, conserved barrel domain protein

D: Cupin 2, conserved barrel domain protein

E: Cupin 2, conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

61.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Cupin 2, conserved barrel domain protein

E: Cupin 2, conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cupin 2, conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

A: Cupin 2, conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Cupin 2, conserved barrel domain protein

C: Cupin 2, conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.920, 95.140, 237.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-554- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	A
7	1	B
8	1	C
9	1	D
10	1	E
11	1	A
12	1	B
13	1	C
14	1	D
15	1	E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	A	A	5 - 64	6 - 65
2	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	B	B	5 - 64	6 - 65
3	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	C	C	5 - 64	6 - 65
4	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	D	D	5 - 64	6 - 65
5	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	E	E	5 - 64	6 - 65
6	2	ARG	ARG	ASP	ASP	4	A	A	65 - 66	66 - 67
7	2	ARG	ARG	ASP	ASP	4	B	B	65 - 66	66 - 67
8	2	ARG	ARG	ASP	ASP	4	C	C	65 - 66	66 - 67
9	2	ARG	ARG	ASP	ASP	4	D	D	65 - 66	66 - 67
10	2	ARG	ARG	ASP	ASP	4	E	E	65 - 66	66 - 67
11	3	GLN	GLN	ARG	ARG	6	A	A	67 - 101	68 - 102
12	3	GLN	GLN	ARG	ARG	6	B	B	67 - 101	68 - 102
13	3	GLN	GLN	ARG	ARG	6	C	C	67 - 101	68 - 102
14	3	GLN	GLN	ARG	ARG	6	D	D	67 - 101	68 - 102
15	3	GLN	GLN	ARG	ARG	6	E	E	67 - 101	68 - 102

詳細

AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Cupin 2, conserved barrel domain protein 分子量: 12282.178 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (バクテリア) 遺伝子: YP_752209.1, Sfri_3543 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q07X94
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT INCLUDES AMINO ACIDS 1 TO 101 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN OF 121 AMINO ACIDS AND WAS ...THE CONSTRUCT INCLUDES AMINO ACIDS 1 TO 101 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN OF 121 AMINO ACIDS AND WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.2000M K2NO3, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 6., NANODROP, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929,0.97918

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月16日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97929	1
3	0.97918	1

反射

解像度: 2.05→27.853 Å / Num. obs: 40296 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 36.405 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.05-2.12		0.35	1.9	10533	6258	83.7
2.12-2.21		0.275	2.8	16237	8217	98.5
2.21-2.31		0.213	3.8	15643	7677	99.5
2.31-2.43		0.159	4.8	15444	7607	99.4
2.43-2.58		0.109	6.8	15599	7677	99.5
2.58-2.78		0.08	9.3	16045	7848	99.4
2.78-3.06		0.054	13.4	15859	7759	99.1
3.06-3.5		0.036	19.1	15775	7683	98.5
3.5-4.4		0.026	25.9	15616	7532	96.7
	4.4	0.023	28.6	15934	7531	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→27.853 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 9.207 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.153
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2018	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	40280	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4170	0	62	237	4469

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.942	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	3	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.104	5	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.085	25.216	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.805	15	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.108	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.168	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.072	0.2	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.123	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.175	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.132	2	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.232	2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.833	4	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.506	6	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.77	8	1741

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	809	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
2	B	809	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
3	C	809	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
4	D	809	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
5	E	809	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	A	449	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
2	B	449	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
3	C	449	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
4	D	449	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
5	E	449	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1	A	809	MEDIUM THERMAL	0.65	2
2	B	809	MEDIUM THERMAL	0.6	2
3	C	809	MEDIUM THERMAL	0.64	2
4	D	809	MEDIUM THERMAL	0.6	2
5	E	809	MEDIUM THERMAL	0.68	2
1	A	449	LOOSE THERMAL	2.5	10
2	B	449	LOOSE THERMAL	1.73	10
3	C	449	LOOSE THERMAL	1.54	10
4	D	449	LOOSE THERMAL	1.55	10
5	E	449	LOOSE THERMAL	1.6	10

LS精密化シェル

解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	150	-
R_work	0.262	2552	-
all	-	2702	-
obs	-	-	91.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0727	0.1174	-0.5516	6.9955	1.5178	1.7841	-0.4249	0.1556	-0.1219	-0.2918	0.1837	1.446	0.0894	0.2926	0.2412	-0.1844	-0.0182	-0.0272	-0.0247	0.2378	0.2831	-17.0478	39	-5.3581
2	2.1481	-0.3083	-0.2704	4.9927	-1.5338	2.4459	-0.0361	-0.1004	-0.2439	-0.2051	0.2575	0.8623	0.1581	-0.432	-0.2214	-0.1225	-0.025	-0.1226	-0.0333	0.05	-0.027	-4.2447	29.7104	-18.9824
3	2.3372	0.0512	-0.634	2.5749	-0.5374	3.1383	-0.0545	0.1325	-0.0677	-0.3186	-0.0387	-0.0668	0.1337	0.0358	0.0932	-0.0683	0.0187	-0.1008	-0.1704	-0.0056	-0.2039	13.222	35.2467	-29.4753
4	2.2366	-1.0128	1.0687	3.6381	-0.6133	2.5084	-0.0869	-0.0004	0.1743	0.3712	-0.0846	-0.4568	0.0742	0.1739	0.1715	-0.1218	-0.0067	-0.0882	-0.1175	0.0168	-0.1742	18.2091	51.0282	-42.5254
5	2.0286	-1.2117	0.4257	3.1252	-0.648	1.8408	-0.0716	0.1277	0.3358	-0.0178	-0.1177	-0.1938	-0.1197	0.0613	0.1894	-0.1465	-0.0272	-0.0643	-0.1112	0.003	-0.1671	8.3653	65.3943	-52.9275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 101	1 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 101	2 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 101	2 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	0 - 101	1 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	0 - 101	1 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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