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- PDB-3d7r: Crystal structure of a putative esterase from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d7r
タイトルCrystal structure of a putative esterase from Staphylococcus aureus
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / ESTERASE-LIKE / ALPHA/BETA FOLD
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lam, R. / Battaile, K.P. / Chan, T. / Romanov, V. / Lam, K. / Soloveychik, M. / Wu-Brown, J. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative esterase from Staphylococcus aureus
著者: Battaile, K.P. / Lam, R. / Chan, T. / Romanov, V. / Lam, K. / Soloveychik, M. / Wu-Brown, J. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,95332
ポリマ-76,7462
非ポリマー2,20830
5,044280
1
A: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,47716
ポリマ-38,3731
非ポリマー1,10415
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,47716
ポリマ-38,3731
非ポリマー1,10415
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.888, 46.412, 91.688
Angle α, β, γ (deg.)80.820, 89.970, 69.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 38372.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: USA300HOU_2331 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIPL
参照: UniProt: A8Z540, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 310分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Br
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG3350, 0.1M NaBr, 15mM Hexamine Cobalt(III) Chloride, cryo-protected using 30% DMSO, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 41127 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.01-2.083.90.09338121.089191.1
2.08-2.1740.0840470.981197.1
2.17-2.2640.08241671.037197.3
2.26-2.3840.07241021.044197.7
2.38-2.5340.0741560.984197.9
2.53-2.7340.06741491.029198.1
2.73-340.06341651.01198.5
3-3.4440.05941610.983198.7
3.44-4.333.90.0541601.051198.9
4.33-503.90.05442081.047199.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1002.0141.54411160
ANO_10.7702.0141.54404520
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.81-41.54004870
ISO_16.3-8.81008720
ISO_15.16-6.30010960
ISO_14.48-5.160013570
ISO_14.01-4.480014860
ISO_13.66-4.010016460
ISO_13.39-3.660017890
ISO_13.18-3.390018850
ISO_13-3.180020470
ISO_12.84-30021680
ISO_12.71-2.840022530
ISO_12.6-2.710023270
ISO_12.49-2.60024840
ISO_12.4-2.490025140
ISO_12.32-2.40026250
ISO_12.25-2.320027610
ISO_12.18-2.250027580
ISO_12.12-2.180029060
ISO_12.06-2.120029560
ISO_12.01-2.060026990
ANO_18.81-41.540.71104360
ANO_16.3-8.810.70408380
ANO_15.16-6.30.744010640
ANO_14.48-5.160.867013190
ANO_14.01-4.480.826014560
ANO_13.66-4.010.802016170
ANO_13.39-3.660.826017560
ANO_13.18-3.390.802018610
ANO_13-3.180.744020250
ANO_12.84-30.746021500
ANO_12.71-2.840.732022330
ANO_12.6-2.710.744022970
ANO_12.49-2.60.726024580
ANO_12.4-2.490.737024950
ANO_12.32-2.40.7026030
ANO_12.25-2.320.768027400
ANO_12.18-2.250.805027270
ANO_12.12-2.180.742028860
ANO_12.06-2.120.794029090
ANO_12.01-2.060.794025820
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 41114
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.66-100670.752514
6.78-8.6661.10.907563
5.76-6.7858.80.894690
5.09-5.7660.80.914802
4.62-5.0961.20.933880
4.25-4.6262.40.936975
3.96-4.2560.10.931078
3.72-3.9660.80.9291127
3.52-3.7260.40.9311151
3.35-3.5262.30.9191250
3.21-3.3563.30.9091334
3.08-3.2159.60.91363
2.96-3.0860.60.9021398
2.86-2.9659.60.9021494
2.76-2.86610.91515
2.68-2.7659.60.8971562
2.6-2.6859.30.9041594
2.53-2.659.50.91700
2.47-2.5358.70.8871667
2.4-2.4759.40.8951747
2.35-2.459.50.8921791
2.3-2.3558.80.8951822
2.25-2.360.80.8821886
2.2-2.2560.40.8751852
2.16-2.259.70.8782011
2.12-2.1660.30.8591945
2.08-2.1261.50.8342013
2.01-2.0865.10.7833390

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.189 / SU B: 6.333 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2083 5.1 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 41116 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4831 0 110 280 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.9716792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4665593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33624.776245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.70115898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6431522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5671.52985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1424874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2932098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7024.51916
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.0650.2061340.1472565305988.231
2.065-2.1210.2191630.1542793305096.918
2.121-2.1830.1841520.1512754298497.386
2.183-2.250.1991100.1552648283797.215
2.25-2.3230.1921600.152602283697.391
2.323-2.4050.1951390.1542485268597.728
2.405-2.4950.2071280.162386256498.05
2.495-2.5960.1821040.1642380253597.988
2.596-2.7110.1881240.162203236898.269
2.711-2.8430.211920.1642161229498.213
2.843-2.9960.1961080.1642060220298.456
2.996-3.1770.2131040.1661943207498.698
3.177-3.3950.1831060.1561779190998.743
3.395-3.6650.1761010.1461688181198.785
3.665-4.0110.161900.1481556166299.037
4.011-4.480.177780.1531408150099.067
4.48-5.1630.174680.1561289136799.268
5.163-6.2990.236490.1921047110199.546
6.299-8.8070.232400.18583287699.543
8.807-41.5590.206330.16545450496.627
精密化 TLS

S32: -0.0042 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35770.09320.00680.36620.20920.37650.00590.0307-0.00620.02420.0031-0.0046-0.0019-0.009-0.0170.00470.0009-0.0260.0003-0.013639.03912.3333.446
20.42390.062-0.12140.3221-0.11710.42590.00820.02920.0170.03010.00450.0005-0.0062-0.0126-0.02160.0026-0.0012-0.02120.0044-0.016665.15420.8548.556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 30429 - 324
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 30329 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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