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- PDB-3d6y: Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and berberine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6y
タイトルCrystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and berberine
要素
  • BMR promoter DNA
  • Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / MULTIDRUG RESISTANCE / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-DNA COMPLEX / Activator / DNA-binding / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERBERINE / DNA / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Newberry, K.J. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of BmrR-Drug Complexes Reveal a Rigid Multidrug Binding Pocket and Transcription Activation through Tyrosine Expulsion
著者: Newberry, K.J. / Huffman, J.L. / Miller, M.C. / Vazquez-Laslop, N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3335
ポリマ－40,8132
非ポリマー5213
水61334
1
B: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子

B: BMR promoter DNA
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,66710
ポリマ－81,6264
非ポリマー1,0416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
Buried area14530 Å2
ΔGint-92.3 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.330, 106.330, 146.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: DNA鎖 BMR promoter DNA


分子量: 7362.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator


分子量: 33450.121 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-278 / Mutation: R275E, A277L, E278D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrR, bmr1R / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39075
#3: 化合物 ChemComp-BER / BERBERINE / ベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4 / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.081581 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.794937 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Malonate11
2Sodium Malonate12
3Jeffamine-M60011
4Jeffamine-M60012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月24日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→86.1 Å / Num. obs: 23429 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 78.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3331 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB entry 1R8D

1r8d


解像度: 2.7→86.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1684928.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1132 4.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 23429 98.3 %-
all-23804 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.1095 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.73 Å20 Å20 Å2
2--10.73 Å20 Å2
3----21.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→86.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2288 488 37 34 2847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 190 5 %
Rwork0.375 3637 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ligands_par.txtligands_top.txt
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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