PDB-3d6o: The RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-(ethyl isonipecotatyl)uridine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d6o

タイトル

The RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-(ethyl isonipecotatyl)uridine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / uridine complex / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation.
著者: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2008年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3d6o.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3d6o_validation.pdf.gz	760.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d6o_full_validation.pdf.gz	763.5 KB	表示
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CIF形式データ	3d6o_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3d6pC 3d6qC 3d7bC 3d8yC 3d8zC 2g8qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jw1-2 3d8z-1 1kf2-d 1a5q-d 4g8v-1 2g8r-1 3d7b-1 4g90-2 3d6p-1 6xhc-2 5e5e-2 1o0h-2 2g8q-1 3rat-d 1kf8-d 3lxo-d 1lsq-2 6qe9-2 4j5z-d 5n2l-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.384, 32.876, 72.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-U1S / 1-{5-deoxy-5-[4-(ethoxycarbonyl)piperidin-1-yl]-alpha-L-arabinofuranosyl}pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 分子量: 383.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₃O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, Sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→30 Å / Num. all: 31270 / Num. obs: 31074 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.274 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2G8Q

2g8q

解像度: 1.58→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.315 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22678	1574	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18592	-	-	-
obs	0.18793	29500	94.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.397 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.103 Å	0.101 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	22	313	2237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.155	1.937	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.563	25.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.926	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.304	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.546	1.5	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.882	2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.299	3	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.053	4.5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.58→1.622 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	121	-
R_work	0.231	2043	-
obs	-	-	90.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.5682	-1.4086	-1.1011	1.6192	1.5838	10.8036	0.1855	-0.1401	1.081	-0.4798	0.3336	-0.2135	-1.9224	0.5689	-0.5192	0.3057	-0.1196	0.098	-0.0444	-0.01	0.0027	33.1809	15.1904	12.2192
2	3.9	-0.1235	0.8219	3.6313	1.0334	7.2049	0.0794	0.1737	0.0169	-0.0733	0.0323	-0.1054	-0.2574	0.0245	-0.1116	0.0652	-0.0078	0.0249	0.0387	0.0205	-0.0142	30.0018	5.914	8.2966
3	12.913	-11.829	-16.7712	24.1925	13.1393	22.1524	-0.5688	0.458	-0.954	0.8573	-0.6747	1.4098	1.058	-1.1129	1.2435	0.0431	0.0185	-0.0726	0.2454	-0.1605	0.0452	24.3663	-4.1723	-1.3673
4	4.2811	1.2004	-0.9277	12.3091	5.5707	5.8523	0.1087	0.638	-0.1278	-0.6964	-0.0934	0.1875	-0.336	-0.2902	-0.0153	0.0467	-0.0069	0.0244	0.1246	-0.0313	-0.0704	33.7692	0.1388	-2.9365
5	9.9091	-4.2327	-4.3309	4.7863	0.8653	2.2185	0.1231	-0.3456	0.8562	-0.237	0.1954	-0.8844	-0.3738	0.4217	-0.3186	0.0401	-0.0854	0.0779	0.0454	-0.0662	0.0401	41.0198	5.1513	2.9816
6	1.8189	0.258	-0.772	0.5444	-0.6421	3.7844	-0.0551	0.0736	-0.0424	-0.09	0.0627	-0.0061	-0.0121	-0.1554	-0.0077	0.0333	0.0005	-0.0014	0.0388	0.0106	0.0196	25.1418	0.8113	13.1519
7	5.1172	0.8023	1.1738	1.3987	-0.3243	2.6624	-0.0289	-0.0456	-0.1296	0.0143	0.0005	-0.1267	-0.1031	-0.0814	0.0284	0.0379	0.0044	0.0056	0.0379	0.0071	0.0324	30.1296	-1.656	24.2737
8	11.4915	1.9027	-6.2447	0.4241	-1.2679	5.1535	-0.3429	0.0741	-0.5972	-0.2014	0.08	-0.3133	0.465	0.2481	0.263	0.058	-0.0071	0.0753	0.0173	-0.0499	0.0519	38.3938	-4.7162	2.1366
9	6.8394	2.6603	-6.0614	1.1318	-2.0745	6.1986	-0.4546	0.0654	-0.5063	-0.2669	0.1828	-0.2589	0.6484	-0.0337	0.2718	0.0902	-0.0247	0.0436	0.0098	-0.0546	0.0156	31.4312	-8.4603	3.8012
10	1.9007	0.1158	0.1637	2.8244	0.3644	2.4279	-0.0566	-0.0267	0.048	-0.065	0.0583	-0.0665	-0.0377	-0.1738	-0.0017	0.0419	0.0053	0.0041	0.0451	0.0078	0.0205	29.3107	2.6403	18.8823
11	4.1254	0.1068	1.4858	2.9086	0.2561	4.5078	0.0006	0.2089	-0.172	0.09	0.169	-0.1059	0.1466	0.1011	-0.1696	0.0118	-0.0046	0.0122	0.0545	-0.0103	0.0386	16.2359	-4.9029	30.3931
12	30.1823	-27.9274	16.7571	25.8411	-15.5052	9.3035	0.7327	1.3245	-1.9534	0.4056	0.2275	0.9852	-1.0434	1.0249	-0.9602	-0.0187	0.0132	0.0729	0.3208	0.0683	0.5355	10.9958	10.7944	21.9112
13	0.546	-2.3545	0.4503	15.2211	2.1047	3.6025	0.2125	0.3895	0.0267	-1.2112	-0.2845	-0.0461	-0.1565	0.4853	0.072	0.104	0.0061	-0.0295	0.141	0.0618	-0.0951	8.7258	1.593	18.359
14	15.7157	2.1294	3.5959	10.0551	0.884	2.9992	0.2369	0.6493	-1.2549	-0.7639	-0.3362	0.2459	0.285	0.0329	0.0993	0.0422	0.0104	0.0217	0.0706	-0.0788	0.0167	9.6565	-8.3087	20.6295
15	2.3642	0.2423	1.3242	1.4717	1.1456	1.8688	-0.0731	0.1507	0.0702	-0.1469	0.0181	0.0512	-0.0496	0.0412	0.055	0.0285	-0.0087	0.0056	0.0337	0.0125	0.0461	12.5	2.4964	32.5061
16	7.0228	5.4598	0.6714	8.7976	2.4153	1.1656	-0.0517	-0.2029	-0.2044	0.1623	0.0285	0.3698	0.2095	-0.0872	0.0232	0.0157	-0.0062	0.0011	0.0276	0.0388	0.0529	8.0283	-2.3759	46.7441
17	0.7663	0.6285	-0.1359	0.8675	0.5201	1.1572	-0.0326	0.0038	0.0791	-0.0936	-0.0586	0.0869	-0.0665	-0.0552	0.0912	0.0218	0.0067	-0.0241	0.0279	0.0134	0.054	9.5161	5.7751	39.6
18	4.1863	-2.1954	0.0206	2.9147	1.6542	7.7265	-0.0041	0.7446	-0.5438	-0.5591	-0.3725	0.4999	0.2883	-0.3847	0.3766	0.0644	0.0043	-0.0545	0.0359	-0.0973	0.0429	-1.0141	-4.9203	17.8033
19	0.8301	0.2054	0.3698	0.9483	0.5841	1.2493	-0.0927	0.0963	0.1325	-0.1811	-0.002	0.1683	-0.2537	-0.129	0.0947	0.0518	0.0077	-0.0449	0.0338	0.0232	0.0654	5.5672	5.2163	32.0645
20	5.7105	-1.8322	1.0615	2.6605	-0.6981	2.8314	0.0445	0.0364	-0.1908	-0.0734	-0.025	0.1102	0.107	0.072	-0.0194	0.0388	-0.0238	0.0021	0.0275	0.0131	0.0422	13.5757	-3.1253	40.1399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 6	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 15	7 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	16 - 23	16 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	24 - 32	24 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 41	33 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	42 - 61	42 - 61
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	62 - 77	62 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	78 - 95	78 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	96 - 104	96 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	105 - 124	105 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1 - 15	1 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	16 - 23	16 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	24 - 31	24 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	32 - 39	32 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	40 - 58	40 - 58
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	59 - 70	59 - 70
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	71 - 83	71 - 83
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	84 - 96	84 - 96
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	97 - 110	97 - 110
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	111 - 124	111 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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