[日本語] English
万見
- PDB-3d6m: Crystal structure of human caspase-1 with a naturally-occurring L... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6m
タイトルCrystal structure of human caspase-1 with a naturally-occurring Lys319->Arg substitution in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK)
要素
  • (Caspase-1) x 2
  • N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / catalytic domain / naturally-occurring mutation / Apoptosis / Hydrolase / Protease / Thiol protease / Zymogen / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Aldose 1-/Glucose-6-phosphate 1-epimerase / Aldose 1-epimerase / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(1S)-1-(carboxymethyl)-3-fluoro-2-oxopropyl]-L-alaninamide / Uncharacterized protein YphB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rosen-Wolff, A. / Roesler, J. / Romanowski, M.J.
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: Mutated, structurally altered caspase-1 with decreased enzymatic and increased RIP2-meditated inflammatory activity leads to a new type of periodic fever (ICE fever).
著者: Rosen-Wolff, A. / Romanowski, M.J. / Ritter, L. / Flecks, S. / Quoos, N. / Gramatt, J. / Petzold, C. / Nguyen, H.D. / Gahr, M. / Roesler, J.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Structure summary
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8913
ポリマ－30,8913
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide

A: Caspase-1
B: Caspase-1
C: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7826
ポリマ－61,7826
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area18470 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.968, 62.968, 161.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-177-

HOH

21B-212-

HOH

詳細Dimer of the p20/p10 dimer

-
要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / IL-1 beta-converting enzyme / ICE / Interleukin-1 ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / IL-1 beta-converting enzyme / ICE / Interleukin-1 beta-converting enzyme / p45 / Caspase-1 subunit p20 / Caspase-1 subunit p10


分子量: 20001.033 Da / 分子数: 1 / 断片: CASP1 p20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: pRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+ / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#2: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / IL-1 beta-converting enzyme / ICE / Interleukin-1 ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / IL-1 beta-converting enzyme / ICE / Interleukin-1 beta-converting enzyme / p45 / Caspase-1 subunit p20 / Caspase-1 subunit p10


分子量: 10417.965 Da / 分子数: 1 / 断片: CASP1 p10 / Mutation: K319R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / プラスミド: pRSET B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+ / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36
#3: タンパク質・ペプチド N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-4-fluoro-3-oxobutan-2-yl]-L-alaninamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 471.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-valyl-N-[(1S)-1-(carboxymethyl)-3-fluoro-2-oxopropyl]-L-alaninamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals obtained by hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K) against a reservoir of 0.1 M PIPES pH 6.0, 75-175 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, and 2 mM MgCl2. All ...詳細: Crystals obtained by hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K) against a reservoir of 0.1 M PIPES pH 6.0, 75-175 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, and 2 mM MgCl2. All crystals cryoprotected in mother liquors supplemented with 20% (v/v) glycerol for 30-90 sec and immersion in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal; crystal type S(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 31131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SC3

1sc3


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.612 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24671 1567 5 %RANDOM
Rwork0.19517 ---
obs0.19774 29468 99.93 %-
all-31094 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 0 238 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0561.9652913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58123.60897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14615390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3392.51352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.48552133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7712.5903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3175780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.863 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 170 -
Rwork0.262 2786 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.6028 Å / Origin y: 23.963 Å / Origin z: 40.738 Å
111213212223313233
T0.1062 Å2-0.1082 Å20.0905 Å2--0.085 Å20.0327 Å2---0.1367 Å2
L2.8996 °20.5471 °20.5224 °2-2.0258 °20.8188 °2--0.3639 °2
S0.0724 Å °-0.0621 Å °0.4225 Å °-0.2431 Å °-0.1406 Å °-0.2096 Å °-0.3074 Å °0.0115 Å °0.0682 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125
2X-RAY DIFFRACTION1B317
3X-RAY DIFFRACTION1A1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る