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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d6e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the engineered 1,3-1,4-beta-glucanase protein from Bacillus licheniformis | ||||||
要素 | Beta-glucanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-glucan hydrolysis / Calcium binding motif / Protein engineering / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus licheniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fita, I. / Planas, A. / Calisto, B.M. / Addington, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Re-engineering specificity in 1,3-1,4-beta-glucanase to accept branched xyloglucan substrates 著者: Addington, T. / Calisto, B. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / Fita, I. / Planas, A. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of Bacillus licheniformis 1,3-1,4-beta-D-glucan 4-glucanohydrolase at 1.8 A resolution 著者: Hahn, M. / Pons, J. / Planas, A. / Querol, E. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d6e.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d6e.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gbgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 199 / Label seq-ID: 1 - 199
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22753.035 Da / 分子数: 2 変異: R22A, A23F, N24D, N25H, C48G, E50G, R52Q, S77A, F79Y, Y81S, M167Y, N169S, N172A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: P27051, licheninase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE AND THE COORDINATES. THE DEPOSITOR ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE AND THE COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG MME 2000, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 14740 / Num. obs: 14739 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 6.25 / Num. unique all: 14739 / Rsym value: 0.126 / % possible all: 79.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GBG 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 17.13 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.721 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.538 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2379 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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