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- PDB-3d53: 2.2 A crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Rickett... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d53
タイトル2.2 A crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Rickettsia prowazekii
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / RICKETTSIA / INORGANIC / PYROPHOSPHATASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.2 A crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Rickettsia prowazekii.
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
D: Inorganic pyrophosphatase
E: Inorganic pyrophosphatase
F: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,76429
ポリマ－117,7796
非ポリマー98523
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-103.4 kcal/mol
Surface area42530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.970, 115.230, 139.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 19629.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)
株: Madrid E / 遺伝子: ppa, RP589 / プラスミド: pET28-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZCW5, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Na acetate pH 4.5, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.94 Å / Num. obs: 56518 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.325.90.5241.54690780160.52497.6
2.32-2.465.90.4491.74514576630.44998.1
2.46-2.635.90.3462.24285172210.34698.6
2.63-2.8460.25334057667510.25398.6
2.84-3.116.10.1634.53853162700.16398.9
3.11-3.486.40.11563696957500.11599.8
3.48-4.026.80.0827.63474350980.08299.9
4.02-4.926.90.0648.93002143630.064100
4.92-6.966.80.0669.12319934280.06699.9
6.96-34.945.80.0529.91130219580.05298.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å34.06 Å
Translation2.8 Å34.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EIP

2eip


解像度: 2.2→33.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.013 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2855 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.22 56507 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8072 0 38 547 8657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.97211254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90151038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98625.506356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.913151591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9161524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.23775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.25641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6011.55270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04528336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4433449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3024.52904
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 207 -
Rwork0.254 3825 -
all-4032 -
obs--96.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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