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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d4x | ||||||
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タイトル | Crystal structure determination of cat (Felis silvestris catus) hemoglobin at 2.2 angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | Oxygen storage / Oxygen transport / Felis silvestris catus / Monoclinic / Hemoglobin / low oxygen affinity / allosteric mechanism / Heme / Iron / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Felis silvestris catus (イエネコ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure determination of cat (Felis silvestris catus) hemoglobin at 2.2 angstrom resolution 著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Crystallization of sheep (Ovis aries) and goat (Capra hircus) haemoglobins under unbuffered low-salt conditions 著者: Neelagandan, K. / Sathya Moorthy, P. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic study of low oxygen-affinity haemoglobin from cat (Felis silvestris catus) in two different crystal forms 著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N. #3: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2009 タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Hemoglobin from Buffalo (Bubalus bubalis): A Low Oxygen Affinity Species 著者: Balasubramanian, M. / Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Ponnuswamy, M.N. #4: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2009 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Goat (Capra hircus) Hemoglobin - A Low Oxygen Affinity Species 著者: Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d4x.cif.gz | 127.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d4x.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3d4x_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3d4x_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3d4x_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3d4x_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1hdaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15328.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Felis silvestris catus (イエネコ) / Cell: RED BLOOD CELLS / 組織: blood / 参照: UniProt: P07405 #2: タンパク質 | 分子量: 15892.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Felis silvestris catus (イエネコ) / Cell: RED BLOOD CELLS / 組織: blood / 参照: UniProt: P07412 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 28427 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.0685 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3036 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HDA 解像度: 2.2→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 7.223 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.963 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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