PDB-3d4i: Crystal structure of the 2H-phosphatase domain of Sts-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d4i

タイトル

Crystal structure of the 2H-phosphatase domain of Sts-2

要素

Sts-2 protein

キーワード

HYDROLASE / PGM / 2H-phosphatase / PTP / SH3 domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of cytokine production / nuclear speck / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chen, Y. / Carpino, N. / Nassar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and functional characterization of the 2H-phosphatase domain of Sts-2 reveals an acid-dependent phosphatase activity.
著者: Chen, Y. / Jakoncic, J. / Carpino, N. / Nassar, N.

履歴

登録	2008年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d4i.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d4i.ent.gz	179.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d4i_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d4i_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	3d4i_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	3d4i_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6aC 3db1C 2hoq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3db1-1 3db1-2 3d6a-1 6ujh-d 1l4f-1 1l5m-1 1jhq-1 6vbq-1 1r8x-d 2qv5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (3)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sts-2 protein

B: Sts-2 protein

C: Sts-2 protein

D: Sts-2 protein

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sts-2 protein

C: Sts-2 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sts-2 protein

D: Sts-2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.887, 115.707, 121.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sts-2 protein 分子量: 30716.334 Da / 分子数: 4 / 断片: PGM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ubash3a / プラスミド: pProEx-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q8BX41, UniProt: Q3V3E1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG4000,0.2 M Lithium sulfate, 5 to 20 mM Strontium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月25日 / 詳細: monochromator
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→100 Å / Num. all: 80825 / Num. obs: 80016 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.084
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / R_sym value: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→44.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.651 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24806	4009	5 %	RANDOM
R_work	0.20828	-	-	-
obs	0.21027	75929	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8437	0	1	323	8761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.969	11752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.89	5	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.902	23.25	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.084	15	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.175	15	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.868	1.5	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.452	2	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.924	3	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.025	4.5	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.003 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	300	-
R_work	0.229	5383	-
obs	-	-	96.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.091	-0.0185	0.2421	0.457	-0.223	1.0125	0.0108	0.0041	-0.0366	0.0144	0.0375	0.0544	-0.0585	-0.1093	-0.0483	-0.0367	0.0014	-0.0029	-0.0039	0.0007	-0.0136	-38.8906	122.139	7.0869
2	0.7118	0.296	-0.2078	0.4064	-0.2227	1.2954	-0.0017	0.0786	0.0687	0.0701	0.002	0.0346	0.0653	0.1652	-0.0003	-0.0527	0.0241	0.008	0.0284	0.0144	-0.0454	1.1308	108.237	7.9785
3	0.6209	0.4331	0.047	0.5496	0.0674	0.4751	0.0545	-0.0266	-0.041	0.0489	-0.0553	-0.0436	-0.0712	0.0028	0.0009	-0.0035	-0.0147	-0.0125	-0.0313	0.0171	-0.0289	-14.3484	137.2992	26.0144
4	0.5044	-0.1832	0.0103	0.4346	-0.3037	0.4171	0.0312	-0.0009	-0.0814	-0.0075	0.0111	0.064	0.0346	0.0274	-0.0423	-0.0115	-0.0033	0.0245	-0.03	0.0154	-0.014	-25.9164	95.8509	25.5214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	350 - 622	1 - 273
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	358 - 621	9 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	358 - 620	9 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	358 - 621	9 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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