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万見
- PDB-3d41: Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d41
タイトルCrystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with MgAMPPNP and fosfomycin
要素FomA protein
キーワードTRANSFERASE / fosfomycin / antibiotic resistance / kinase / phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / glutamate 5-kinase activity / proline biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / FOSFOMYCIN / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Augustus, A. / Kuzuyama, T. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Fosfomycin Resistance Kinase FomA from Streptomyces wedmorensis.
著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Augustus, A. / Kuzuyama, T. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2008年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FomA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5454
ポリマ－30,8771
非ポリマー6693
水1,08160
1
A: FomA protein
ヘテロ分子

A: FomA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0918
ポリマ－61,7542
非ポリマー1,3376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-39.7 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.656, 85.656, 78.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 FomA protein


分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア)
遺伝子: fomA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56187
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-FCN / FOSFOMYCIN / 1,2-EPOXYPROPYLPHOSPHONIC ACID / ホスホマイシン


分子量: 138.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE RESEQUENCING OF THE PROTEIN CONFIRMED RESIDUE 31 IS ARG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11% PEG 3350, 0.1 M tri-ammonium citrate, 0.1 M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38074 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17293 / Num. obs: 17293 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1664 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D40

3d40


解像度: 2.2→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.56 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 215 1.4 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 15587 90.97 %-
all-15587 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å21.06 Å20 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----3.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 40 60 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.9852885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0795268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52221.95487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79415329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0930.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.51361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23322135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8543843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0924.5747
LS精密化 シェル最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection Rwork: 920 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1194-0.03840.84614.86381.63966.7218-0.2302-0.335-0.5399-0.1789-0.13730.54981.23860.18130.36750.05480.09230.1243-0.27120.1504-0.059324.413414.98819.3938
24.5976-1.82360.6131.21730.03714.1026-0.1312-0.1809-0.14030.02230.00580.04570.76160.68050.1254-0.05150.1130.0744-0.20090.0624-0.137630.335218.14226.3136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-8 - 6912 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2AA70 - 26390 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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