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万見
- PDB-3d3q: Crystal structure of tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3q
タイトルCrystal structure of tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase (SE0981) from Staphylococcus epidermidis. Northeast Structural Genomics Consortium target SeR100
要素tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / tRNA processing / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A - #140 / Crystal structure of tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (bh2366) domain / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Histone, subunit A / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Histone, subunit A - #140 / Crystal structure of tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (bh2366) domain / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Histone, subunit A / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase (SE0981) from Staphylococcus epidermidis.
著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7262
ポリマ－80,7262
非ポリマー00
水79344
1
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3631
ポリマ－40,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3631
ポリマ－40,3631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.622, 84.480, 75.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase / IPP transferase / Isopentenyl-diphosphate:tRNA isopentenyltransferase / IPTase / IPPT


分子量: 40363.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: miaA, SE_0981 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8CQL3, EC: 2.5.1.8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: 100 mM MES pH 6.15, 18% PEG 3350, 100 mM KSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 38850 / Num. obs: 38850 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.17
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 3545 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 704715.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Program XtalView has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2568 9.2 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.232 38620 --
obs0.231 28000 72.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10.5156 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.3 Å20 Å21.53 Å2
2---2.85 Å20 Å2
3----22.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4967 0 0 44 5011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 136 8.5 %
Rwork0.348 1470 -
obs-1470 41.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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