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- PDB-3d3f: Crystal Structure of Yvgn and cofactor NADPH from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3f
タイトルCrystal Structure of Yvgn and cofactor NADPH from Bacillus subtilis
要素YvgN protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal reductase (NADPH) / methylglyoxal reductase (NADPH) activity / : / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 5G / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 5G / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Glyoxal reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhou, Y.F. / Lei, J. / Su, X.D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical analyses of YvgN and YtbE from Bacillus subtilis
著者: Lei, J. / Zhou, Y.F. / Li, L.F. / Su, X.-D.
履歴
登録2008年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YvgN protein
B: YvgN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6404
ポリマ－63,1502
非ポリマー1,4912
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: YvgN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3202
ポリマ－31,5751
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: YvgN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3202
ポリマ－31,5751
非ポリマー7451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.517, 123.285, 57.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 YvgN protein / Putative reductase protein / YvgN


分子量: 31574.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yvgN / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32210
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.4M SODIUM NITRATE, 40% PEG3350, pH 7.5, Vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SMART6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→67.4 Å / Num. all: 26027 / Num. obs: 23334 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 5.26
反射 シェル解像度: 2.3→2.47 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 5.26 / Num. unique all: 23334 / Rsym value: 0.11 / % possible all: 89

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.384 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.716
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å67.42 Å
Translation3 Å67.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
PROTEUMデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B3E

3b3e
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 21.879 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.916 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30615 1065 5 %RANDOM
Rwork0.23649 ---
obs0.24007 20421 93.75 %-
all-26027 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.578 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å20 Å2
2---3.37 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 0 96 81 4629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9921.9836291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2075548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33825.507227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.1115846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1011520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23055
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7161.52840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16624407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98332095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9634.51884
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 38 -
Rwork0.264 1008 -
all-1046 -
obs--63.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81560.11840.02861.4120.38962.5456-0.027-0.01990.0027-0.027-0.0061-0.031-0.0635-0.05020.0332-0.13540.0084-0.0016-0.09980.0214-0.0834-17.905412.1735-21.8502
21.1006-0.2620.23492.23830.34882.81230.00550.0260.02960.0569-0.0035-0.01520.19130.0093-0.002-0.1190.00640.0046-0.09790.019-0.1099-19.110343.2027-6.6203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 2709 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 2709 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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