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万見
- PDB-3d38: Crystal structure of new trigonal form of photosynthetic reaction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d38
タイトルCrystal structure of new trigonal form of photosynthetic reaction center from Blastochloris viridis. Crystals grown in microfluidics by detergent capture.
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / detergent extraction / reaction center / microfludics / plugs / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / Electron transport / Heme / Iron / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Transport / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chromophore / Formylation / Transmembrane / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / UBIQUINONE-1 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / UBIQUINONE-1 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Li, L. / Nachtergaele, S.H.M. / Seddon, A.M. / Tereshko, V. / Ponomarenko, N. / Ismagilov, R.F. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Simple host-guest chemistry to modulate the process of concentration and crystallization of membrane proteins by detergent capture in a microfluidic device.
著者: Li, L. / Nachtergaele, S. / Seddon, A.M. / Tereshko, V. / Ponomarenko, N. / Ismagilov, R.F.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,98241
ポリマ－132,4104
非ポリマー12,57237
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25690 Å2
ΔGint-145.3 kcal/mol
Surface area47570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.171, 241.171, 113.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Cytochrome c558/c559


分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#2: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008
#3: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#4: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010

-
非ポリマー , 11種, 196分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#8: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#10: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#11: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4
#12: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#13: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#14: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: plug-based microfluidics / pH: 6
詳細: 9 mg/mL Protein, 4.6 mM LDAO, 10 mM Methyl-beta-cyclodextrin, 1.6-1.7 M Sulfate, 4.5% w/v Triethylammonium phosphate pH 6.0, 3% 1,2,3-heptanetriol, 30 mM NaH2PO4-Na2HPO4 pH 6.0, Plug-based ...詳細: 9 mg/mL Protein, 4.6 mM LDAO, 10 mM Methyl-beta-cyclodextrin, 1.6-1.7 M Sulfate, 4.5% w/v Triethylammonium phosphate pH 6.0, 3% 1,2,3-heptanetriol, 30 mM NaH2PO4-Na2HPO4 pH 6.0, Plug-based Microfluidics, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 62037 / Num. obs: 62037 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 30.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0073精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2I5N

2i5n


解像度: 3.21→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 13.871 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3145 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 62025 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å21.94 Å20 Å2
2--3.88 Å20 Å2
3----5.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9282 0 870 159 10311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.99914441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63451173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64222.416418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.749151395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2651564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.55857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07329417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30234646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2754.55024
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 219 -
Rwork0.288 4131 -
all-4350 -
obs--95.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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