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- PDB-3d2w: Crystal structure of mouse TDP-43 RRM2 domain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2w
タイトルCrystal structure of mouse TDP-43 RRM2 domain in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
  • TAR DNA-binding protein 43
キーワードDNA/RNA BINDING PROTEIN / DP-43 proteinopathy / TDP-43 inclusions / RNA recognition motif / FTLD-U / ALS / RRM / DNA-RNA BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / host-mediated suppression of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA 3'-UTR binding ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / host-mediated suppression of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / regulation of protein stability / positive regulation of protein import into nucleus / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / rhythmic process / regulation of apoptotic process / gene expression / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrion / RNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kuo, P.H. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into TDP-43 in nucleic-acid binding and domain interactions
著者: Kuo, P.H. / Doudeva, L.G. / Wang, Y.T. / Shen, C.K. / Yuan, H.S.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2833
ポリマ－13,1882
非ポリマー951
水2,090116
1
A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子

A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5676
ポリマ－26,3774
非ポリマー1902
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
2
A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子

A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子

A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子

A: TAR DNA-binding protein 43
B: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,13412
ポリマ－52,7548
非ポリマー3804
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation9_455x-1/2,y,z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)41.283, 87.290, 125.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-27-

HOH

21A-36-

HOH

31A-72-

HOH

41A-105-

HOH

51B-94-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TAR DNA-binding protein 43 / TDP-43 / RRM2 domain of mouse TDP-43


分子量: 10097.466 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM2 motif, UNP residues 192-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: brain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tardbp, Tdp43 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q921F2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DT)-3')


分子量: 3091.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Reservoir solution containing 2M (NH4)2SO4, 0.1M phosphate-citrate, the reservoir solution contained an addition of 10% glycerol, pH4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2phosphate-citrate11
3glycerol11
4HOH11
5(NH4)2SO412
6phosphate-citrate12
7glycerol12
8HOH12

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25.46 Å / Num. all: 13674 / Num. obs: 13854 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1.87 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique all: 1310 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WF0

1wf0


解像度: 1.65→25.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.912 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24515 1041 7.6 %RANDOM
Rwork0.20728 ---
obs0.21031 12633 98.74 %-
all-12633 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数561 186 5 116 868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2572.2531095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.855571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7622528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7351595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.406152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.5363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4842574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6763527
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5674.5521
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Rfactor Rfree error: 0.11 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 66 -
Rwork0.247 892 -
obs-892 95.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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