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- PDB-3d2l: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase (ZP_00538691... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2l
タイトルCrystal structure of SAM-dependent methyltransferase (ZP_00538691.1) from EXIGUOBACTERIUM SP. 255-15 at 1.90 A resolution
要素SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ZP_00538691.1 / SAM-dependent methyltransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Methyltransferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyltransferase type 12 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Exiguobacterium sibiricum 255-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase (ZP_00538691.1) from EXIGUOBACTERIUM SP. 255-15 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferase
B: SAM-dependent methyltransferase
C: SAM-dependent methyltransferase
D: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,68310
ポリマ－112,5374
非ポリマー1466
水9,296516
1
A: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1592
ポリマ－28,1341
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1833
ポリマ－28,1341
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1592
ポリマ－28,1341
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1833
ポリマ－28,1341
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.830, 70.920, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)116.570, 104.630, 102.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 242 / Label seq-ID: 6 - 243

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細AUTHORS STATE THAT SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質
SAM-dependent methyltransferase


分子量: 28134.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum 255-15 (バクテリア)
遺伝子: ZP_00538691.1, ExigDRAFT_1659 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q41FK2, UniProt: B1YKR8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2000M MgCl2, 20.0000% PEG-8000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月23日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.374 Å / Num. obs: 84662 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.86 % / Biso Wilson estimate: 30.367 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.73
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.970.6492.284626211976163.7
1.97-2.050.47936529616533189.4
2.05-2.140.3424.26587316733195.1
2.14-2.250.2246.16751217066195.6
2.25-2.390.1667.96932417478196
2.39-2.580.12510.17253918234196.5
2.58-2.840.07914.97011217690196.6
2.84-3.250.04822.47011117676197.2
3.25-4.080.03132.36921017605197.3
4.08-29.370.02438.46914217817196

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.374 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.801 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.MAGNESIUM WAS MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND COORDINATION GEOMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 4235 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 84658 93.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20.45 Å21.72 Å2
2---1.37 Å2-0.17 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7631 0 6 516 8153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.94610850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933312620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7435987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66824.444396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.583151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3911539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.25310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.23823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24041
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1030.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.84135157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.64731934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54657825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.68183466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.083113007
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1383MEDIUM POSITIONAL0.190.5
2B1383MEDIUM POSITIONAL0.20.5
3C1383MEDIUM POSITIONAL0.280.5
4D1383MEDIUM POSITIONAL0.260.5
1A1641LOOSE POSITIONAL0.45
2B1641LOOSE POSITIONAL0.425
3C1641LOOSE POSITIONAL0.585
4D1641LOOSE POSITIONAL0.565
1A1383MEDIUM THERMAL1.062
2B1383MEDIUM THERMAL0.862
3C1383MEDIUM THERMAL0.972
4D1383MEDIUM THERMAL1.072
1A1641LOOSE THERMAL2.3710
2B1641LOOSE THERMAL2.4710
3C1641LOOSE THERMAL2.7110
4D1641LOOSE THERMAL2.7310
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 208 -
Rwork0.269 3974 -
all-4182 -
obs--62.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1366-0.6255-0.35161.3042-0.13111.23460.0017-0.01130.03-0.0383-0.041-0.0217-0.15610.03360.0393-0.1184-0.0301-0.0182-0.09180.0011-0.053971.699930.444544.7822
23.4076-2.1164-2.53012.89671.55562.40180.0440.0553-0.1875-0.2751-0.2016-0.0033-0.0817-0.21810.1575-0.02990.0455-0.0203-0.06550.0045-0.088674.66627.108124.0353
30.9579-0.0776-0.2673.8696-0.60551.793-0.07220.0887-0.0885-0.08740.0193-0.108-0.0337-0.05730.0528-0.13420.03410.0175-0.1073-0.006-0.0493.8145-5.622353.8987
41.06091.3944-1.09713.6199-2.52972.6069-0.06630.0076-0.15610.3622-0.108-0.095-0.21750.0660.17440.03430.05930.0186-0.0970.0113-0.03111.5932-9.750774.5823
51.25270.2342-1.15231.9407-0.42833.4288-0.33360.0825-0.1611-0.05860.2108-0.11110.377-0.10330.12270.027-0.04980.04110.0629-0.1096-0.056616.723138.972978.903
62.06350.6353-2.26231.3121-2.28264.7336-0.26370.150.013-0.14690.2831-0.03860.5534-0.6739-0.01940.2534-0.138-0.05960.0701-0.0438-0.031815.386854.308164.4474
71.96620.7835-0.74242.1957-0.61511.1164-0.03930.04880.11220.06730.04430.08170.1151-0.0697-0.0051-0.14260.00830.0086-0.08760.0094-0.087938.75419.279749.943
80.96321.2790.07365.81621.462.20520.02010.0295-0.15770.2759-0.0539-0.38030.169-0.09920.0338-0.00480.016-0.0067-0.06010.0362-0.030741.6894-0.23758.037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1386 - 139
2X-RAY DIFFRACTION1AA201 - 242202 - 243
3X-RAY DIFFRACTION2AA139 - 200140 - 201
4X-RAY DIFFRACTION3BB5 - 1386 - 139
5X-RAY DIFFRACTION3BB201 - 242202 - 243
6X-RAY DIFFRACTION4BB139 - 200140 - 201
7X-RAY DIFFRACTION5CC1 - 1382 - 139
8X-RAY DIFFRACTION5CC201 - 242202 - 243
9X-RAY DIFFRACTION6CC139 - 200140 - 201
10X-RAY DIFFRACTION7DD5 - 1386 - 139
11X-RAY DIFFRACTION7DD201 - 242202 - 243
12X-RAY DIFFRACTION8DD139 - 200140 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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