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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d2a | ||||||
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タイトル | Structure of 1-17A4, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipase obtained through directed evolution | ||||||
要素 | Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase / stability / directed evolution / Lipid degradation / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Sankaranarayanan, R. / Kamal, M.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Thermostable Bacillus subtilis lipases: in vitro evolution and structural insight 著者: Ahmad, S. / Kamal, M.Z. / Sankaranarayanan, R. / Rao, N.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d2a.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d2a.ent.gz | 33.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d2a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19477.912 Da / 分子数: 1 / 変異: L114P, A132D, I157M, N166Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA, lip, BSU02700 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / Mosaicity: 1.2 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 10 詳細: 2mM glycine-NaOH, pH 10.0, SMALL TUBES, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→25 Å / Num. obs: 18153 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 22.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→25 Å / FOM work R set: 0.871 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 61.747 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→25 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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