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万見
- PDB-3d24: Crystal structure of ligand-binding domain of estrogen-related re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d24
タイトルCrystal structure of ligand-binding domain of estrogen-related receptor alpha (ERRalpha) in complex with the peroxisome proliferators-activated receptor coactivator-1alpha box3 peptide (PGC-1alpha)
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Steroid hormone receptor ERR1
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / ligand binding domain / coactivator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Polymorphism / RNA-binding / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / nuclear steroid receptor activity / temperature homeostasis / lncRNA binding / response to muscle activity / response to starvation / intracellular glucose homeostasis ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / nuclear steroid receptor activity / temperature homeostasis / lncRNA binding / response to muscle activity / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / estrogen response element binding / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / intercellular bridge / energy homeostasis / digestion / steroid binding / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear receptor binding / respiratory electron transport chain / gluconeogenesis / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / fibrillar center / nuclear receptor activity / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein stabilization / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid hormone receptor ERR1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Moras, D. / Greschik, H. / Flaig, R. / Sato, Y. / Rochel, N. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Communication between the ERR{alpha} Homodimer Interface and the PGC-1{alpha} Binding Surface via the Helix 8-9 Loop.
著者: Greschik, H. / Althage, M. / Flaig, R. / Sato, Y. / Chavant, V. / Peluso-Iltis, C. / Choulier, L. / Cronet, P. / Rochel, N. / Schule, R. / Stromstedt, P.E. / Moras, D.
履歴
登録2008年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
C: Steroid hormone receptor ERR1
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5024
ポリマ－60,5024
非ポリマー00
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2512
ポリマ－30,2512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-10.3 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
3
C: Steroid hormone receptor ERR1
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2512
ポリマ－30,2512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.400, 56.000, 96.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HOMODIMER.

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要素

#1: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR1 / Estrogen-related receptor alpha / ERR-alpha / Estrogen receptor-like 1 / Nuclear receptor subfamily ...Estrogen-related receptor alpha / ERR-alpha / Estrogen receptor-like 1 / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 1


分子量: 27584.893 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain: Residues 278-519 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRA, ERR1, ESRL1, NR3B1 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11474
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / PGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 2665.975 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 198-219 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide with the sequence based on the fragment (residues 198-219) of human PGC-1-alpha, UniProt entry Q9UBK2 (PRGC1_HUMAN)
参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3350, 0.2 M Mg(NO3)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 111465 / Num. obs: 109542 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique all: 2740 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XB7

1xb7


解像度: 2.11→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Bijvoet differences were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1584 -RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.212 ---
obs0.212 31872 84.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.945 Å20 Å2-1.797 Å2
2--2.119 Å20 Å2
3---3.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 0 272 3794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.054

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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