PDB-3d1l: Crystal structure of putative NADP oxidoreductase BF3122 from Bac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d1l

タイトル

Crystal structure of putative NADP oxidoreductase BF3122 from Bacteroides fragilis

要素

Putative NADP oxidoreductase BF3122

キーワード

OXIDOREDUCTASE / putative NADP oxidoreductase / BF3122 / Bacteroides fragilis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

ProC-like, C-terminal domain / Domain of unknown function DUF2520 / TM1727-like, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF2520) / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Chang, C. / Hendricks, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative NADP oxidoreductase BF3122 from Bacteroides fragilis.
著者: Chang, C. / Hendricks, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d1l.cif.gz	117.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d1l.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d1l_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d1l_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	3d1l_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	3d1l_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/3d1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/3d1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lyf-d 3c24-d 4m1o-d 5je8-1 4odd-d 5y8l-d 1yb4-d 5ua0-1 5y8m-d 3dzb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC20211

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative NADP oxidoreductase BF3122

B: Putative NADP oxidoreductase BF3122

ヘテロ分子

61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.995, 154.995, 54.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Putative NADP oxidoreductase BF3122 分子量: 30502.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF3122 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q5LAQ6
#2: 化合物	ChemComp-MPR / 2-MERCAPTO-PROPION ALDEHYDE / 3-メルカプトプロパナ-ル分子量: 90.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M Ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月7日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 36340 / Num. obs: 32819 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 58.98
反射シェル	解像度: 2.19→2.22 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 714 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.19→33.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.992 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23905	1662	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18532	-	-	-
all	0.18801	32697	-	-
obs	0.18801	32697	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→33.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4079	0	11	231	4321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.966	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.539	5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.131	23.886	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.371	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.01	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.677	1.5	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.142	2	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	3	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.659	4.5	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	110	-
R_work	0.235	2030	-
obs	-	2140	86.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0774	-0.6585	-1.2101	12.1147	1.6285	4.6321	-0.2721	-0.3908	-0.1744	1.559	0.5435	-1.0185	0.508	0.9072	-0.2714	0.0441	0.1494	-0.2532	0.0383	-0.0258	-0.2144	-15.3314	-7.9149	49.9731
2	1.765	-1.5323	0.6758	6.3288	-0.1317	4.6361	-0.1851	0.0468	-0.2082	0.4463	0.4923	0.5883	0.0618	0.0703	-0.3073	-0.0971	-0.019	0.0519	-0.0284	0.0852	-0.1071	-28.0396	-5.0684	42.1079
3	6.1463	1.9923	0.9125	11.9325	-1.0262	3.4266	-0.0244	-0.0871	0.4664	1.0691	0.3839	-1.1365	-0.4906	0.3499	-0.3594	-0.0184	-0.0767	-0.051	-0.0665	-0.1698	-0.0871	-17.4551	8.6755	44.9322
4	28.0913	10.1519	-20.1523	3.6688	-7.2828	14.4569	-0.6014	0.7215	0.1591	-0.7306	0.592	-0.1222	0.3952	-0.6048	0.0094	-0.0449	-0.1799	0.0681	-0.0179	0.0004	-0.0309	-20.0139	12.4531	30.9347
5	5.264	1.8089	-1.0809	2.3601	0.3101	1.2219	-0.0494	0.1679	-0.5324	0.1792	0.0589	-0.2132	0.1785	-0.0419	-0.0095	-0.0338	-0.0419	0.0313	-0.1087	-0.0547	-0.0211	4.2272	18.6576	24.2364
6	13.0063	-0.9189	0.3607	4.8202	0.0843	2.7474	-0.1888	1.2503	-0.7861	-0.3479	0.1684	0.3898	0.542	-0.5255	0.0205	-0.1171	-0.2434	0.0142	-0.002	-0.1202	-0.1243	-11.1183	12.8884	17.1645
7	4.4739	-1.4691	0.5506	3.6053	-0.0249	3.4559	-0.1407	-0.2913	0.0766	0.345	0.043	-0.1443	0.0329	-0.1703	0.0977	-0.0885	0.01	-0.0449	-0.0634	-0.1179	-0.0562	12.696	43.9662	38.1204
8	0.9282	0.7931	-0.6504	5.0472	1.3134	2.3349	-0.2416	0.2159	0.2802	-0.5716	0.0718	-0.3257	-0.2375	-0.2571	0.1698	-0.0621	-0.004	-0.0272	-0.1008	-0.0647	0.0584	17.3927	47.5834	24.1572
9	2.8489	1.9636	-0.6348	4.175	0.2775	1.4182	0.0244	-0.0833	-0.1761	0.1585	0.1324	-0.6228	0.2523	-0.0883	-0.1568	-0.1093	0.0139	-0.0245	-0.1211	-0.0896	0.0546	17.8926	31.0797	30.3923
10	21.6302	5.6957	-3.6813	8.2731	-0.5007	0.8783	-0.3893	0.7235	0.1078	-0.6909	0.363	-0.2021	0.2276	-0.2538	0.0264	0.0153	-0.0292	0.0681	-0.0171	-0.0427	-0.0957	13.0831	28.7045	16.916
11	5.3494	2.1674	0.0608	3.1625	0.5103	0.7361	0.1921	0.0454	-0.0016	0.308	-0.2117	0.3155	0.3271	-0.0719	0.0196	0.0264	-0.078	0.0661	-0.1012	-0.0251	-0.0411	-6.3736	19.0184	30.3252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	118 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	164 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	176 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	217 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	4 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	57 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	118 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	164 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	176 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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