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万見
- PDB-3d1k: R/T intermediate quaternary structure of an antarctic fish hemogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1k
タイトルR/T intermediate quaternary structure of an antarctic fish hemoglobin in an alpha(CO)-beta(pentacoordinate) state
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN BINDING / antarctic fish hemoglobin / intermediate R/T quaternary structure / oxidation pathway / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport / Acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin subunit beta-1/2
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Vergara, A. / Bonomi, G. / Merlino, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Spectroscopic and crystallographic characterization of a tetrameric hemoglobin oxidation reveals structural features of the functional intermediate relaxed/tense state.
著者: Vitagliano, L. / Vergara, A. / Bonomi, G. / Merlino, A. / Verde, C. / di Prisco, G. / Howes, B.D. / Smulevich, G. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: High resolution crystal structure of deoxy hemoglobin from Trematomus bernacchii at different pH values: the role of histidine residues in modulating the strength of the root effect.
著者: Mazzarella, L. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Bonomi, G. / Scala, S. / Verde, C. / di Prisco, G.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Minimal structural requirements for root effect: crystal structure of the cathodic hemoglobin isolated from the antarctic fish Trematomus newnesi.
著者: Mazzarella, L. / Bonomi, G. / Lubrano, M.C. / Merlino, A. / Riccio, A. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Verde, C. / di Prisco, G.
履歴
登録2008年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
A: ACETYL GROUP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2296
ポリマ－31,9242
非ポリマー1,3054
水5,350297
1
A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,45712
ポリマ－63,8474
非ポリマー2,6108
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12110 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.458, 87.664, 55.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin alpha-1 chain / Alpha-1-globin


分子量: 15677.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene HBA1 / 生物種: Trematomus newnesi / 参照: UniProt: P45718
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-1/2 / Hemoglobin beta-1/2 chain / Beta-1/2-globin


分子量: 16246.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 生物種: Trematomus newnesi / 参照: UniProt: P45720

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非ポリマー , 4種, 301分子 A

#3: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.6
詳細: Crysatls grew in a week by using a protein concentration of 6mg/ml and 14% w/v MPEG5000 in a 50mM Tris HCl buffer at ph 7.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年11月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 114368

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T1N

1t1n


解像度: 1.25→30 Å / 交差検証法: troughout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 --RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.167 114368 99.6 %-
all-114368 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 91 297 2658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTION1-2 distances0.019
X-RAY DIFFRACTION1-3 distances0.038
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / % reflection obs: 99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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