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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d1k | ||||||
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タイトル | R/T intermediate quaternary structure of an antarctic fish hemoglobin in an alpha(CO)-beta(pentacoordinate) state | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXYGEN BINDING / antarctic fish hemoglobin / intermediate R/T quaternary structure / oxidation pathway / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport / Acetylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vitagliano, L. / Vergara, A. / Bonomi, G. / Merlino, A. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Spectroscopic and crystallographic characterization of a tetrameric hemoglobin oxidation reveals structural features of the functional intermediate relaxed/tense state. 著者: Vitagliano, L. / Vergara, A. / Bonomi, G. / Merlino, A. / Verde, C. / di Prisco, G. / Howes, B.D. / Smulevich, G. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: High resolution crystal structure of deoxy hemoglobin from Trematomus bernacchii at different pH values: the role of histidine residues in modulating the strength of the root effect. 著者: Mazzarella, L. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Bonomi, G. / Scala, S. / Verde, C. / di Prisco, G. #2: ![]() タイトル: Minimal structural requirements for root effect: crystal structure of the cathodic hemoglobin isolated from the antarctic fish Trematomus newnesi. 著者: Mazzarella, L. / Bonomi, G. / Lubrano, M.C. / Merlino, A. / Riccio, A. / Vergara, A. / Vitagliano, L. / Verde, C. / di Prisco, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1t1nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15677.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Gene HBA1 / 生物種: Trematomus newnesi / 参照: UniProt: P45718 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16246.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 生物種: Trematomus newnesi / 参照: UniProt: P45720 |
-非ポリマー , 4種, 301分子 A![](data/chem/img/ACE.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACE.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.6 詳細: Crysatls grew in a week by using a protein concentration of 6mg/ml and 14% w/v MPEG5000 in a 50mM Tris HCl buffer at ph 7.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2000年11月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 114368 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1T1N 解像度: 1.25→30 Å / 交差検証法: troughout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / % reflection obs: 99.4 % |