PDB-3d0s: cAMP receptor protein from m.tuberculosis, cAMP-free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d0s

タイトル

cAMP receptor protein from m.tuberculosis, cAMP-free form

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION / CAMP RECEPTOR PROTEIN (CRP) / DIMER / INACTIVE(APO / UNLIGANDED) FORM / ALLOSTERY / DNA BINDING / CYCLIC AMP / TRANSCRIPTION REGULATION / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / DNA-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cell wall / cAMP binding / peptidoglycan-based cell wall / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gallagher, D.T. / Robinson, H. / Reddy, P.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cAMP receptor protein from M. tuberculosis in the unliganded form
著者: Gallagher, D.T. / Robinson, H. / Smith, N. / Reddy, P.T.

履歴

登録	2008年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d0s.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d0s.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d0s_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d0s_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	3d0s_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3d0s_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/3d0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hw5 1i5z 2cgp
類似構造データ	6n9o-4 4bjk-3 4cyd-1 3g1q-3 6fmo-4 2w7e-d 4a2u-2 3p99-3 2w7h-d 4a2u-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.796, 83.803, 98.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / CRP/FNR-FAMILY / Transcriptional regulator / Crp/Fnr family 分子量: 25108.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT3777, Rv3676 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69644, UniProt: P9WMH3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 mg/mL ptn, 80 mM NaCl, l4% PEG4K, 8% IPA, 0.1M Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日

放射

モノクロメーター: coated mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.6 % / Av σ(I) over netI: 11.6 / 数: 205215 / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 0.94 / D res high: 2.3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 17644 / % possible obs: 87.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	30	99.6	1	0.037	1.644	13.3
3.93	4.95	100	1	0.048	1.522	13.9
3.43	3.93	100	1	0.064	1.218	14
3.12	3.43	100	1	0.084	0.73	14.4
2.9	3.12	100	1	0.136	0.573	14.4
2.73	2.9	100	1	0.224	0.496	13.7
2.59	2.73	98.4	1	0.309	0.449	10.1
2.48	2.59	81.1	1	0.366	0.417	5.7
2.38	2.48	54.2	1	0.372	0.45	3.5
2.3	2.38	39.7	1	0.476	0.421	2.2

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 29026 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	6.3	0.333	1	93.7
2.07-2.15	6.5	0.27	1	93.4
2.15-2.25	6.5	0.227	1	93.3
2.25-2.37	6.4	0.188	1	93.2
2.37-2.52	6.3	0.153	1	92.5
2.52-2.71	6.3	0.135	1	92.8
2.71-2.99	6.1	0.106	1	95.7
2.99-3.42	6	0.084	1	99
3.42-4.3	6	0.067	1	99.6
4.3-20	6.2	0.052	1	98

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.56 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.54 / 反射: 18670 / Reflection acentric: 16221 / Reflection centric: 2449

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-27.786	0.95	0.97	0.89	927	641	286
4.1-6.6	0.91	0.94	0.79	2719	2222	497
3.3-4.1	0.84	0.86	0.7	3341	2888	453
2.9-3.3	0.63	0.64	0.49	3349	2952	397
2.5-2.9	0.32	0.33	0.23	5821	5233	588
2.3-2.5	0.15	0.15	0.12	2513	2285	228

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-3000		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 8.33 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28784	1448	5 %	RANDOM
R_work	0.21215	-	-	-
obs	0.21585	27234	95.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3431	0	2	185	3618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.971	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.05	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.369	22.378	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.881	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.723	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.051	1.5	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.585	2	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.779	3	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.3	4.5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	107	-
R_work	0.21	1913	-
obs	-	-	92.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5478	3.8292	8.2689	2.0211	2.6803	9.2539	-0.1192	0.0931	0.5255	-0.0563	-0.1176	0.0057	-0.0403	0.042	0.2368	-0.1369	0.0539	0.0639	-0.2008	0.0127	-0.0741	12.22	28.549	24.507
2	2.6063	0.7352	0.2525	5.2712	-0.325	1.7301	-0.087	0.2214	0.1831	-0.3308	0.1263	0.0998	-0.0052	-0.0676	-0.0393	-0.0241	0.0251	-0.0017	-0.0691	0.0415	-0.1209	8.858	35.322	3.681
3	2.4112	-0.043	0.6868	0.9411	0.1083	1.1233	-0.0147	-0.13	0.0082	0.0521	0.0129	-0.0173	-0.0211	-0.0317	0.0018	-0.1303	0.0071	-0.001	-0.1836	0.0093	-0.1629	2.805	23.396	36.949
4	5.4353	3.0477	8.7309	2.8039	5.5368	17.6888	0.1315	-0.028	-0.2032	0.0425	-0.0402	-0.1637	0.5086	0.0985	-0.0913	-0.1595	0.0428	0.0639	-0.1563	0.0222	-0.0832	16.563	19.23	26.116
5	0.851	-1.1436	0.4339	4.4936	0.6934	1.9748	-0.0413	0.0427	-0.1449	0.0421	-0.0357	0.1948	0.0315	-0.1947	0.077	-0.0845	0.0013	-0.0084	-0.164	-0.0229	-0.0707	-5.347	6.648	21.514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	117 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	145 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	145 - 224

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関連情報:EMDBヘッダ

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