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- PDB-3d0p: Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0p
タイトルInsights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
  • Ribonuclease H
キーワードhydrolase/DNA / RNase H-DNA complex / A-form / B-form / metal ions / protein-DNA complex / Cytoplasm / Endonuclease / Hydrolase / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nuclease / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2008
タイトル: Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
著者: Pallan, P.S. / Egli, M.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
C: Ribonuclease H
D: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2095
ポリマ－38,1864
非ポリマー231
水2,990166
1
A: Ribonuclease H
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')

A: Ribonuclease H
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1864
ポリマ－38,1864
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease H
D: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子

C: Ribonuclease H
D: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2326
ポリマ－38,1864
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4400 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.397, 66.660, 76.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis of Chain identifier A: -X, Y, -Z -1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -1.000000 / The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis of Chain identifier B: -X, Y, -Z -1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -1.000000

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 15429.371 Da / 分子数: 2 / 変異: D132N / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bacillus halodurans RNase H, D132N mutant / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 8 % (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2PEG 400011
3sodium acetate12
4PEG 400012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月21日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 38816 / Num. obs: 37768 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique all: 3643 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZBI, using one protein molecule.

1zbi


解像度: 1.8→41.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.491 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24108 1886 5 %RANDOM
Rwork0.21396 ---
obs0.21539 35877 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å2-1.42 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2169 486 1 166 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6722.1753844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9255265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55825.146103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62715406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2741510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0421.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86222148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44831440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6334.51696
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 120 -
Rwork0.256 2515 -
obs-2515 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.4421 Å / Origin y: 1.845 Å / Origin z: 18.6056 Å
111213212223313233
T-0.0111 Å2-0.0155 Å2-0.0067 Å2--0.0474 Å20.0369 Å2---0.0271 Å2
L0.7634 °20.1292 °20.6812 °2-0.0489 °20.0981 °2--0.6241 °2
S-0.0048 Å °0.079 Å °0.0547 Å °0.032 Å °-0.0239 Å °0.0141 Å °0.0094 Å °0.1036 Å °0.0286 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA61 - 1941 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 121 - 12
3X-RAY DIFFRACTION1CC62 - 1942 - 134
4X-RAY DIFFRACTION1DD1 - 121 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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