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- PDB-3d0i: Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0i
タイトルCrystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike glycoprotein
キーワードHYDROLASE / SARS coronavirus / spike protein / receptor-binding domain / RBD / angiotensin-converting enzyme 2 / ACE2 / virus-host interface / host adaptation / cross-species infections / human / palm civet / Carboxypeptidase / Chloride / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Transmembrane / Envelope protein / Host-virus interaction / Lipoprotein / Palmitate / Virion / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / endocytosis involved in viral entry into host cell / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like ...Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2 / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paguma larvata (ハクビシン)
Homo sapiens (ヒト)
Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of major species barriers between humans and palm civets for severe acute respiratory syndrome coronavirus infections
著者: Li, F.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32017年6月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,46414
ポリマ－178,9354
非ポリマー1,52910
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0116
ポリマ－89,4672
非ポリマー5434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4538
ポリマ－89,4672
非ポリマー9866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.424, 119.824, 109.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
12A
22B
32A
42B
52A
62B
13E
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERGLNAA19 - 1021 - 84
211SERGLNBB19 - 1021 - 84
321ASNASNAA290 - 397272 - 379
421ASNASNBB290 - 397272 - 379
531HISGLUAA417 - 430399 - 412
631HISGLUBB417 - 430399 - 412
112ASNPROAA103 - 28985 - 271
212ASNPROBB103 - 28985 - 271
322GLULYSAA398 - 416380 - 398
422GLULYSBB398 - 416380 - 398
532ASPASPAA431 - 615413 - 597
632ASPASPBB431 - 615413 - 597
113PROGLUEC324 - 5021 - 179
213PROGLUFD324 - 5021 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69076.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paguma larvata (ハクビシン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ACE2, ACE2, UNQ868/PRO1885 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q56NL1, UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 20390.959 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 324-502 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59594

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 31分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 46550

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2.9→36.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 46.624 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2052 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 41328 89.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20 Å24.71 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12518 0 94 27 12639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.94417658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.82651534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.6924.585650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.918152092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.691554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.26913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.28994
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2881.57837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.277212410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70435979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3794.55248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.454313816
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.237331
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.656312608
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1649LOOSE POSITIONAL0.275
1A1649LOOSE THERMAL2.3610
2A3215LOOSE POSITIONAL0.55
2A3215LOOSE THERMAL5.7910
3E1395LOOSE POSITIONAL0.115
3E1395LOOSE THERMAL1.1410
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.056 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 210 -
Rwork0.322 4593 -
all-4803 -
obs--72.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.60463.81272.01456.67791.23426.9158-0.74670.0672-0.3293-0.1067-0.2692-0.77460.22790.59251.016-0.0534-0.08960.1415-0.13660.1688-0.067746.4118-16.5002113.0559
21.66550.2409-1.03013.9106-3.49374.54790.2815-0.01710.51461.4411-0.654-0.6841-1.23510.6210.37250.3407-0.3329-0.22310.01310.16570.270451.00739.7024113.1419
311.1302-20.8616-5.672293.9331-25.554637.07351.59350.94451.60462.5086-2.1949-0.9779-2.2521.80570.60150.0025-0.1194-0.06080.06780.15520.062652.723329.5959101.4543
43.39021.3293-2.02081.4381-1.05922.0506-0.4904-0.236-0.2604-0.0642-0.1379-0.18160.40770.41780.62830.02880.1680.1784-0.01890.17180.082571.7736-2.095198.0865
51.64622.4685-2.722227.08-0.87244.94220.0465-0.11690.5865-0.113-0.2026-1.4709-0.49430.27190.1562-0.1488-0.0764-0.25380.04310.24420.41752.17499.982499.8222
63.28571.4879-2.31150.8181-0.99941.7488-0.42350.4420.0492-0.22580.1869-0.07760.3864-0.17270.2366-0.04710.01210.044-0.06740.1113-0.023662.79453.726491.2423
71.593-1.4032-2.0542.05263.37018.9301-0.35450.55120.2979-0.53880.4462-0.11890.6165-0.2372-0.09170.1134-0.31170.00590.18040.1328-0.267437.063338.073536.2304
80.86060.0298-1.06771.02240.63674.1546-0.06830.4296-0.0989-0.29010.0359-0.16280.07990.32390.0324-0.2745-0.0752-0.0464-0.07630.0578-0.168636.263639.946462.8955
99.13741.17326.91652.8269-3.277311.7185-0.9397-0.2718-0.344-0.13410.6074-0.93150.51680.26140.3323-0.2930.2104-0.0885-0.2514-0.0638-0.10837.542230.042483.7277
100.7703-0.08630.2030.8191-0.70031.282-0.05110.01450.0005-0.08090.24110.13560.0846-0.2693-0.19-0.1015-0.0643-0.0366-0.1310.0564-0.051313.96229.443957.8794
110.7648-0.83160.64050.99230.75924.6152-0.44360.1607-0.07440.08150.0614-0.02530.6216-0.23130.3822-0.16620.0265-0.00710.08260.0145-0.082634.397126.992364.3901
121.30850.2691-0.30550.6346-0.52591.055-0.04740.0144-0.1074-0.21840.10210.01110.3108-0.0154-0.0547-0.0053-0.0095-0.0381-0.03280.0066-0.015822.513821.142362.0897
132.1130.5356-2.2483.833-1.04833.18660.08590.27310.14630.20810.10780.1497-0.6107-0.472-0.19370.050.0381-0.0244-0.04850.0443-0.258623.8694-9.4733126.0984
142.97321.31160.57331.061-0.23772.714-0.10220.45640.0108-0.3691-0.1377-0.29150.02550.28190.2399-0.095-0.08590.11310.18260.32220.011661.368649.79239.4329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 102
2X-RAY DIFFRACTION1A616
3X-RAY DIFFRACTION1A901
4X-RAY DIFFRACTION2A290 - 397
5X-RAY DIFFRACTION2A902
6X-RAY DIFFRACTION3A417 - 430
7X-RAY DIFFRACTION4A103 - 289
8X-RAY DIFFRACTION5A398 - 416
9X-RAY DIFFRACTION6A431 - 615
10X-RAY DIFFRACTION7B19 - 102
11X-RAY DIFFRACTION7B901
12X-RAY DIFFRACTION7B902
13X-RAY DIFFRACTION8B290 - 397
14X-RAY DIFFRACTION8B616
15X-RAY DIFFRACTION9B417 - 430
16X-RAY DIFFRACTION10B103 - 289
17X-RAY DIFFRACTION11B398 - 416
18X-RAY DIFFRACTION12B431 - 615
19X-RAY DIFFRACTION13E324 - 502
20X-RAY DIFFRACTION13E91
21X-RAY DIFFRACTION14F324 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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