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- PDB-3d0h: Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0h
タイトルCrystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike glycoprotein
キーワードHYDROLASE / SARS coronavirus / spike protein / receptor-binding domain / RBD / angiotensin-converting enzyme 2 / ACE2 / virus-host interface / host adaptation / cross-species infections / human / palm civet / Carboxypeptidase / Chloride / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Transmembrane / Envelope protein / Host-virus interaction / Lipoprotein / Palmitate / Virion / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / regulation of transmembrane transporter activity / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like ...Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2 / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paguma larvata (ハクビシン)
Homo sapiens (ヒト)
Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li, F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of major species barriers between humans and palm civets for severe acute respiratory syndrome coronavirus infections
著者: Li, F.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,52414
ポリマ－178,9954
非ポリマー1,52910
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0416
ポリマ－89,4982
非ポリマー5434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
3
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4838
ポリマ－89,4982
非ポリマー9866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-39.9 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.352, 119.841, 109.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
12A
22B
32A
42B
52A
62B
13E
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERGLNGLNAA19 - 1021 - 84
211SERSERGLNGLNBB19 - 1021 - 84
321ASNASNASNASNAA290 - 397272 - 379
421ASNASNASNASNBB290 - 397272 - 379
531HISHISGLUGLUAA417 - 430399 - 412
631HISHISGLUGLUBB417 - 430399 - 412
112ASNASNPROPROAA103 - 28985 - 271
212ASNASNPROPROBB103 - 28985 - 271
322GLUGLULYSLYSAA398 - 416380 - 398
422GLUGLULYSLYSBB398 - 416380 - 398
532ASPASPASPASPAA431 - 615413 - 597
632ASPASPASPASPBB431 - 615413 - 597
113PROPROGLUGLUEC324 - 5021 - 179
213PROPROGLUGLUFD324 - 5021 - 179

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69076.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paguma larvata (ハクビシン), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ACE2, ACE2, UNQ868/PRO1885 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q56NL1, UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 20420.982 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 324-502 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59594

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 31分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→37.5 Å / Num. obs: 38826

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 3.1→37.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 64.529 / SU ML: 0.493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.618 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1726 5.1 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.225 33878 90.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20 Å24.35 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12522 0 94 27 12643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02212984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.94417664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.84451534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.38624.646650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.757152096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5561552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.27047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.28943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1871.57844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.113212416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44435993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1734.55248
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.258313837
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.538331
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.686312612
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1649LOOSE POSITIONAL0.35
1A1649LOOSE THERMAL1.9810
2A3215LOOSE POSITIONAL0.535
2A3215LOOSE THERMAL4.7110
3E1397LOOSE POSITIONAL0.165
3E1397LOOSE THERMAL0.8810
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.267 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 213 -
Rwork0.327 3859 -
all-4072 -
obs--75.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58854.47391.5717.91442.16646.1807-0.80190.0909-0.4537-0.0814-0.0914-0.6160.21310.49910.8934-0.1547-0.1160.1694-0.15250.1313-0.056545.7616-16.242112.6592
21.09760.4156-0.73962.8201-2.90265.15060.22140.19520.5411.3836-0.5029-0.4425-1.08890.62130.28150.2613-0.2284-0.18640.00460.18430.22250.40479.8853112.7647
36.5834-8.2592-7.044978.9163-22.280638.18531.00380.53091.17941.6035-1.5705-0.9063-2.11070.29340.56680.0570.0158-0.073-0.01770.11690.213252.057629.8117101.1157
42.96990.7878-1.72231.2491-0.89411.639-0.4946-0.1945-0.25560.0307-0.07-0.09870.3380.40390.56460.01140.14660.1723-0.00050.14810.030971.1196-1.97397.6453
53.85593.8506-2.405917.40493.47774.0512-0.02670.26160.3416-0.9159-0.0902-0.8128-0.31570.16480.1169-0.0829-0.0062-0.17010.0640.30120.182751.552510.145399.3885
63.11150.8418-1.74610.7202-0.70631.3262-0.41520.38470.0011-0.14980.1611-0.04320.3423-0.14660.2541-0.0598-0.00490.0228-0.05530.1-0.041562.15643.79790.8295
71.0016-0.595-1.471.79092.845.6354-0.34540.52250.0729-0.30020.2525-0.06460.5362-0.31650.09290.0355-0.23240.01410.29050.1777-0.159936.544738.168835.9196
81.0667-0.123-1.34221.10891.00083.9795-0.13960.4206-0.0105-0.27140.0291-0.1146-0.04480.25120.1105-0.3103-0.0323-0.048-0.10690.0675-0.158535.638940.061462.5712
94.8121-5.461411.496116.4458-20.247732.5237-1.1622-0.2099-0.54760.4111.04260.09050.60711.42340.1196-0.4210.11080.0407-0.1984-0.0471-0.048336.838130.177683.3021
100.3647-0.15730.3150.8933-0.68521.2297-0.0034-0.0452-0.0176-0.09490.20980.13060.0701-0.1598-0.2064-0.0904-0.0513-0.0098-0.11620.0343-0.079713.459329.478657.4247
111.40510.13080.58740.12831.252812.6117-0.39820.1282-0.3431-0.1928-0.0289-0.15020.82360.25940.4272-0.16230.1053-0.0395-0.02260.027-0.045633.845227.041263.9287
121.09020.3818-0.16720.646-0.5360.7964-0.01670.0421-0.1636-0.22420.1096-0.01110.2723-0.0367-0.0928-0.0157-0.0005-0.0152-0.04120-0.013222.018421.223261.6592
132.32280.4316-2.21663.9249-0.68983.34790.14640.1970.10570.10860.0640.1988-0.5115-0.4138-0.2104-0.02560.0346-0.0322-0.09730.0463-0.233723.2487-9.3436125.6754
142.69620.82661.00181.22660.16783.1005-0.09520.45970.0807-0.1346-0.1214-0.17470.01260.26010.2166-0.1377-0.05080.08110.11850.2935-0.012960.8649.735239.138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 1021 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1AE6161
3X-RAY DIFFRACTION1AK9011
4X-RAY DIFFRACTION2AA290 - 397272 - 379
5X-RAY DIFFRACTION2AL9021
6X-RAY DIFFRACTION3AA417 - 430399 - 412
7X-RAY DIFFRACTION4AA103 - 28985 - 271
8X-RAY DIFFRACTION5AA398 - 416380 - 398
9X-RAY DIFFRACTION6AA431 - 615413 - 597
10X-RAY DIFFRACTION6AA546 - 548528 - 530
11X-RAY DIFFRACTION7BB19 - 1021 - 84
12X-RAY DIFFRACTION7BM9011
13X-RAY DIFFRACTION7BN9021
14X-RAY DIFFRACTION8BB290 - 397272 - 379
15X-RAY DIFFRACTION8BB322304
16X-RAY DIFFRACTION9BB417 - 430399 - 412
17X-RAY DIFFRACTION10BB103 - 28985 - 271
18X-RAY DIFFRACTION11BB398 - 416380 - 398
19X-RAY DIFFRACTION12BB431 - 615413 - 597
20X-RAY DIFFRACTION12BG - H617 - 6181
21X-RAY DIFFRACTION13EC324 - 5021 - 179
22X-RAY DIFFRACTION13EI911
23X-RAY DIFFRACTION14FD324 - 5021 - 179
24X-RAY DIFFRACTION14FJ911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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