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万見
- PDB-3d0f: Structure of the BIG_1156.2 domain of putative penicillin-binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0f
タイトルStructure of the BIG_1156.2 domain of putative penicillin-binding protein MrcA from Nitrosomonas europaea ATCC 19718
要素Penicillin-binding 1 transmembrane protein MrcA
キーワードTRANSFERASE / BIG_1156.2 / penicillin-binding 1 / Nitrosomonas europaea / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Glycosyltransferase / Peptidoglycan synthesis / Transmembrane / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, OB-like domain / Penicillin-binding protein OB-like domain / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Nucleic acid-binding proteins / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Penicillin-binding protein, OB-like domain / Penicillin-binding protein OB-like domain / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Nucleic acid-binding proteins / Beta-lactamase/transpeptidase-like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Lysozyme-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Penicillin-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the BIG_1156.2 domain of putative penicillin-binding protein MrcA from Nitrosomonas europaea ATCC 19718.
著者: Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding 1 transmembrane protein MrcA
B: Penicillin-binding 1 transmembrane protein MrcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5924
ポリマ－23,4052
非ポリマー1872
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.206, 52.219, 56.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding 1 transmembrane protein MrcA / Peptidoglycan synthetase


分子量: 11702.283 Da / 分子数: 2 / 断片: Targeted domain: Residues 318-420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
株: IFO 14298 / 遺伝子: mrcA, NE2317 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21(DE3)
参照: UniProt: Q81ZZ3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97959, 0.97970
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979591
20.97971
Reflection冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 9.8 / 数: 191331 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.53 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27910 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.955098.710.0463.5187.1
3.133.9599.910.0553.0987.4
2.743.1310010.0662.5117.5
2.492.7410010.0691.7877.5
2.312.4910010.0721.487.5
2.172.3110010.0771.3337.5
2.062.1710010.0871.27.5
1.972.0610010.1051.0637.5
1.91.9710010.1290.957.5
1.831.910010.1680.8957.4
1.771.8310010.2190.8297.3
1.721.7710010.2760.8016.9
1.681.7299.910.3350.7995.9
1.641.6897.210.3470.7934.6
1.61.6486.110.3820.8213.2
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 27910 / Num. obs: 27910 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.528 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1823 / Χ2: 0.821 / % possible all: 97.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.28 / FOM acentric: 0.294 / FOM centric: 0 / 反射: 27886 / Reflection acentric: 26651 / Reflection centric: 1235
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.69 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 26651 / Reflection centric: 1235
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
10.46-501.560.10.17424
5.84-10.461.670.10.143162
4.05-5.841.260.10.11074105
3.1-4.051.160.10.12021137
2.51-3.11.570.103258177
2.11-2.511.82004784213
1.82-2.112.21006597248
1.6-1.823.55008412269
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se25.716910.4630.4990.3230
2Se33.96110.8480.5180.7950
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.46-500.3540.4690987424
5.84-10.460.4740.542049343162
4.05-5.840.4630.508011791074105
3.1-4.050.480.513021582021137
2.51-3.10.4730.499034353258177
2.11-2.510.3920.409049974784213
1.82-2.110.2330.241068456597248
1.6-1.820.0920.094086818412269
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 27886
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.13-10062.50.714515
4.87-6.1353.60.898504
4.24-4.8755.70.898520
3.81-4.2455.30.903579
3.49-3.8157.70.884647
3.24-3.4958.50.879685
3.03-3.2455.60.872756
2.86-3.0357.90.881778
2.72-2.8653.30.878821
2.59-2.72560.878872
2.49-2.5957.50.863923
2.39-2.4956.20.879935
2.3-2.3957.40.866996
2.23-2.357.90.8771002
2.16-2.23580.8671060
2.09-2.1658.50.8771079
2.03-2.0963.60.8731118
1.98-2.03650.851153
1.93-1.9864.50.8691174
1.88-1.9365.90.8681208
1.84-1.8869.80.8651228
1.8-1.8469.10.8481243
1.76-1.872.60.8321314
1.73-1.7675.10.8251300
1.7-1.7377.10.811333
1.66-1.780.70.8291355
1.63-1.6683.20.7941335
1.6-1.6385.60.7641453

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.64→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.628 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1316 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.173 26155 --
obs0.173 26155 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.66 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1628 0 11 378 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9952401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95233165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7985238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21624.07481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35215345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.7161518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2660.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5121.51341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.321.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78121776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7993729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0684.5612
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 90 -
Rwork0.215 1797 -
all-1887 -
obs--97.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98730.2953-0.90410.2254-0.42391.9759-0.05470.0154-0.0487-0.0609-0.047-0.06750.08130.0480.1018-0.0618-0.0071-0.0007-0.0821-0.0325-0.057811.96022.186320.4034
21.45310.0946-1.6240.0368-0.25313.21370.040.07380.0827-0.05460.0419-0.0009-0.0493-0.2905-0.0818-0.04350.00030.0013-0.0959-0.0222-0.0254-1.32060.843228.1782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA316 - 4202 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2BB316 - 4202 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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