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- PDB-3d01: Crystal structure of the protein Atu1372 with unknown function fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d01
タイトルCrystal structure of the protein Atu1372 with unknown function from Agrobacterium tumefaciens
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein with unknown function / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性YjgF/chorismate_mutase-like, putative endoribonuclease / Endoribonuclease L-PSP/chorismate mutase-like / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Endoribonuclease L-PSP/chorismate mutase-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein Atu1372 with unknown function from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,90924
ポリマ－208,77012
非ポリマー2,13912
水19,3481074
1
A: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7276
ポリマ－52,1923
非ポリマー5353
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-36.6 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
2
E: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7276
ポリマ－52,1923
非ポリマー5353
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-34.4 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9057
ポリマ－52,1923
非ポリマー7134
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-33.6 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
4
B: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5495
ポリマ－52,1923
非ポリマー3562
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-32.5 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.623, 93.600, 93.628
Angle α, β, γ (deg.)68.20, 67.87, 68.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 17397.490 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: GI:17935272, AGR_C_2535, Atu1372 / プラスミド: pDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A9CJ63
#2: 化合物
ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris pH 5.5, 0.2M NH4(OAC), 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 1.7→83.62 Å / Num. all: 274501 / Num. obs: 266266 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.33
反射 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 21313 / % possible all: 92.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.893 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.09
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21411 14230 5.1 %RANDOM
Rwork0.17888 ---
all0.18066 266266 --
obs0.18066 266266 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.15 Å2-0.21 Å2
2--0.16 Å2-0.24 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14016 0 144 1074 15234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02214328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.9819375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925323150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66651864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58124.746571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.48152350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5491584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.23154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.210472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.27131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.27319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1590.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6331.511256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8381.53861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.027214923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.10435333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4464.54452
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1033 -
Rwork0.256 18592 -
obs-19625 92.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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