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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cyv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uroporphyrinogen decarboxylase from Shigella flexineri: new insights into its catalytic mechanism | ||||||
![]() | Uroporphyrinogen decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / alpha/beta barrel / Cytoplasm / Decarboxylase / Porphyrin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, H. / Zhou, H. / Bi, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uroporphyrinogen III decarboxylase from Shigella flexineri: new insights into its catalytic mechanism 著者: Liu, H. / Zhou, H. / Bi, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1uroS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39274.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2a str. 301 / 遺伝子: urod / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月26日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9336 / Num. obs: 9240 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 853 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1URO 解像度: 2.8→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1764582.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.2071 Å2 / ksol: 0.337117 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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