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- PDB-3cxu: Structure of a Y149F mutant of epoxide hydrolase from Solanum tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxu
タイトルStructure of a Y149F mutant of epoxide hydrolase from Solanum tuberosum
要素Epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / EPOXIDE HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD / Y149F / PROTON WIRE
機能・相同性
機能・相同性情報


soluble epoxide hydrolase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
soluble epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Widersten, M. / Thomaeus, A.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Removal of distal protein-water hydrogen bonds in a plant epoxide hydrolase increases catalytic turnover but decreases thermostability
著者: Thomaeus, A. / Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Widersten, M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: X-ray structure of potato epoxide hydrolase sheds light on substrate specificity in plant enzymes
著者: Mowbray, S.L. / Elfstrom, L.T. / Ahlgren, K.M. / Andersson, C.E. / Widersten, M.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase
B: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4733
ポリマ－74,2792
非ポリマー1941
水11,782654
1
A: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3342
ポリマ－37,1401
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1401
ポリマ－37,1401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.969, 96.749, 122.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase


分子量: 37139.551 Da / 分子数: 2 / 変異: Y149F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 株: Lehmi Russet / プラスミド: pGTacStEH1-5H-Y149F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q41415, soluble epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月6日 / 詳細: Single Silicon (111) monochromator
放射モノクロメーター: Single Silicon (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 45424 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 27087 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 2cjp

2cjp


解像度: 2→19.976 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.092 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2318 5.109 %random
Rwork0.169 ---
all0.17 ---
obs0.17 45367 99.574 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.144 Å20 Å20 Å2
2---0.057 Å20 Å2
3----0.088 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.152 Å0.185 Å
Luzzati sigma a-0.092 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5113 0 13 654 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.03
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0510.2261840.1713085328099.665
2.051-2.1070.2141690.1733016321299.159
2.107-2.1670.2041590.1722939311999.327
2.167-2.2330.2111640.1692887306299.641
2.233-2.3060.2131610.1722756292899.624
2.306-2.3850.2251280.172710284599.754
2.385-2.4740.2071280.1742645277599.928
2.474-2.5730.2451290.182525265999.812
2.573-2.6860.1951310.1772446258199.845
2.686-2.8140.2461270.1882311244099.918
2.814-2.9630.171190.17222492368100
2.963-3.1390.1951230.1712078222798.833
3.139-3.350.215990.1591971207599.759
3.35-3.610.208950.1531863198298.789
3.61-3.9410.197920.1551730182799.726
3.941-4.3850.163890.1541566165799.879
4.385-5.0230.212690.1471425149699.866
5.023-6.0570.194660.191215128399.844
6.057-8.1980.182500.1929961046100
8.198-19.9760.15360.1863669996.137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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