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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cxs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human GNA1 | ||||||
![]() | Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glucosamine-6-phosphate N-acetyltransferase 1 / Acyltransferase / Endosome / Golgi apparatus / Membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucosamine-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / monosaccharide binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endosome membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, J. / Liu, X. / Li, L.-F. / Su, X.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Acceptor substrate binding revealed by crystal structure of human glucosamine-6-phosphate N-acetyltransferase 1 著者: Wang, J. / Liu, X. / Liang, Y.-H. / Li, L.-F. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20776.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q96EK6, glucosamine-phosphate N-acetyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 6.3, 25% w/v PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月15日 / 詳細: Montel mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Montel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 5481 / Num. obs: 5121 / % possible obs: 94.49 % / 冗長度: 5.53 % / Rsym value: 0.063 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I): 8.96 / Scaling rejects: 1374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HUZ 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 17.374 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.282 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
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