[日本語] English
万見
- PDB-3cwv: Crystal structure of B-subunit of the DNA gyrase from Myxococcus ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwv
タイトルCrystal structure of B-subunit of the DNA gyrase from Myxococcus xanthus
要素DNA gyrase, B subunit, truncated
キーワードISOMERASE / structural genomics / UNKNOWN FUNCTION / DNA Gyrase / B-Subunit / ATP-binding / Nucleotide-binding / Topoisomerase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold ...DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of B-subunit of the DNA gyrase from Myxococcus xanthus.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase, B subunit, truncated
B: DNA gyrase, B subunit, truncated


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0752
ポリマ－81,0752
非ポリマー00
水6,215345
1
A: DNA gyrase, B subunit, truncated


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5371
ポリマ－40,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA gyrase, B subunit, truncated


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5371
ポリマ－40,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.606, 57.799, 119.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質 DNA gyrase, B subunit, truncated


分子量: 40537.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_5971 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1CZR7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15 % PEG 3350, 0.1 M Magnesium formate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.5 % / Av σ(I) over netI: 11.7 / 数: 302348 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.8 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 120809 / % possible obs: 96.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.25097.310.0331.0752.5
3.334.299.810.0431.0452.5
2.913.3399.910.0491.0672.6
2.652.9199.810.0530.922.6
2.462.6599.810.0690.7292.6
2.312.4699.710.0920.6712.6
2.22.3199.710.1240.6322.5
2.12.298.710.160.592.5
2.022.192.710.2290.572.4
1.952.0277.510.2940.5442.2
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 62921 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 0.799 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 5484 / Rsym value: 0.331 / Χ2: 0.544 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.603 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3177 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 62920 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å20 Å2-1.74 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5105 0 0 345 5450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9537147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3365663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63821.867241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90715830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.761562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.33556
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.4568
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7481.53381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59325260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93232131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8064.51885
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 183 -
Rwork0.251 3647 -
all-3830 -
obs--81.25 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る