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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cwc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative glycerate kinase 2 from Salmonella typhimurium LT2 | ||||||
![]() | Putative glycerate kinase 2![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Zhou, M. / Holzle, D. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of putative glycerate kinase 2 from Salmonella typhimurium LT2. 著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Holzle, D. / Anderson, W. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE. |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 40152.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: LT2 / 遺伝子: STM2959 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CL / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % |
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結晶化![]() | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10% PEG 3000, 0.1 M Phosphate-citrate buffer, 0.2 M Sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.23→49.81 Å / Num. all: 36765 / Num. obs: 36765 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 31.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 1789 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: Funded by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases of NIH (Contract Number HHSN272200700058C).
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.093 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→49.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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