[日本語] English
万見
- PDB-3cwc: Crystal structure of putative glycerate kinase 2 from Salmonella ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwc
タイトルCrystal structure of putative glycerate kinase 2 from Salmonella typhimurium LT2
要素Putative glycerate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / IDP122 / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid phosphorylation / glycerate kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycerate kinase; domain 1 / Glycerate kinase, domain 2 / Glycerate kinase, domain 2 / Glycerate kinase / Glycerate kinase, flavodoxin-like fold / Glycerate kinase, restriction-enzyme-like fold / Glycerate kinase superfamily / Glycerate kinase family / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Glycerate kinase; domain 1 / Glycerate kinase, domain 2 / Glycerate kinase, domain 2 / Glycerate kinase / Glycerate kinase, flavodoxin-like fold / Glycerate kinase, restriction-enzyme-like fold / Glycerate kinase superfamily / Glycerate kinase family / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Zhou, M. / Holzle, D. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative glycerate kinase 2 from Salmonella typhimurium LT2.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Holzle, D. / Anderson, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative glycerate kinase 2
B: Putative glycerate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4645
ポリマ－80,3052
非ポリマー1603
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area29980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.733, 59.549, 103.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE.

-
要素

#1: タンパク質 Putative glycerate kinase 2


分子量: 40152.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM2959 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZME0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% PEG 3000, 0.1 M Phosphate-citrate buffer, 0.2 M Sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→49.81 Å / Num. all: 36765 / Num. obs: 36765 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 1789 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.23→49.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.805 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Funded by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases of NIH (Contract Number HHSN272200700058C).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1834 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.191 36722 --
obs0.191 36722 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å2-1.21 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5405 0 9 153 5567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9697429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01538790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4025738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02824.306216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.23115886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0951537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.23715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.22936
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0781.54442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1851.51550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39825772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20631984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2734.51657
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 139 -
Rwork0.275 2480 -
all-2619 -
obs-2619 96.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8884-1.296-0.73371.0178-0.24515.73880.0281-0.23690.08260.2552-0.0336-0.1642-0.12550.21280.0055-0.0880.0174-0.0343-0.0240.0002-0.033336.701843.57919.9895
26.0345-0.1872-2.61382.8006-2.91058.5345-0.0939-0.04130.0398-1.4643-0.5454-0.44221.35151.22670.63930.50050.32940.00650.04390.0356-0.085734.967326.652137.9123
37.76921.4373-2.6541.8397-1.14361.17720.3315-0.307-0.32420.2111-0.456-0.08210.4670.71870.12450.35240.125-0.08520.11970.05210.047631.971626.491149.7198
44.1395-1.77520.18643.4872-2.53496.14370.2896-0.5657-0.30830.4085-0.38520.2825-0.15870.30030.09560.1934-0.0304-0.0108-0.02050.027-0.21827.138434.117558.7695
51.85440.1603-2.6540.0138-0.22943.79850.0961-0.3784-0.0787-0.0256-0.4144-0.00580.5290.80710.31830.1591-0.0154-0.07530.28230.123-0.024438.432543.551742.9923
611.79116.355.106410.51373.91164.60970.3589-0.84040.48161.1867-0.43331.1801-0.1107-0.86020.07440.12220.06980.08890.0524-0.02940.057529.351451.272227.9946
74.78247.5003-1.257314.1754-1.9150.33190.04410.28120.0478-0.5915-0.08360.0817-0.0771-0.23360.0396-0.16070.0322-0.0790.01750.0220.070524.710241.332317.3324
811.9491-3.61314.19672.34441.99469.9817-0.22350.62820.98660.11490.4531-0.3356-0.7480.3568-0.2296-0.0470.04050.00720.0551-0.0060.054835.831158.95310.1338
91.3489-1.7441.6953.1307-0.53035.2805-0.26210.00630.21010.15320.153-0.2739-0.50620.24430.109-0.01540.0470.0044-0.0450.0216-0.001618.20565.85068.1727
104.80371.5811.41923.48350.39560.4210.33770.5202-0.5075-0.0901-0.09050.03250.35980.0296-0.2472-0.05220.0621-0.01890.05270.0008-0.0521-4.866562.0385-13.2006
113.6591-1.25590.59743.9418-2.10841.56690.18460.682-0.7344-0.24920.06540.07110.297-0.2428-0.25-0.07910.0301-0.03210.1179-0.1488-0.11730.112554.3014-21.9173
121.50812.9158-1.95339.6793-4.11462.5581-0.37210.438-0.29480.23240.4723-0.45870.453-1.6048-0.1002-0.0942-0.1903-0.00150.4305-0.29870.1073-0.677649.1061-26.2495
131.0888-0.1939-1.09690.1289-0.00791.54290.14820.0062-0.12010.0388-0.2142-0.13890.09570.06810.066-0.11850.0348-0.0367-0.09240.0259-0.035617.878463.6025-7.8282
149.514713.8746-3.953628.6251-8.2052.3521-0.59870.8076-0.4889-1.45070.82740.23140.0368-0.0922-0.22880.0437-0.1002-0.03430.0338-0.0771-0.041611.994548.50560.1443
153.62583.8262-0.25784.0691-0.41230.64170.0287-0.1059-0.4699-0.14940.0755-0.27760.03610.3728-0.1041-0.12710.02360.0285-0.04160.0060.035624.535957.3780.5832
1614.73571.10341.27962.5639-1.57581.45370.0651-0.66770.35590.22180.3560.3860.1721-0.3336-0.42110.00860.0188-0.0118-0.02560.12120.001118.936857.196214.4655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 423 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2AA43 - 8046 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3AA81 - 16084 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4AA161 - 249164 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5AA250 - 286253 - 289
6X-RAY DIFFRACTION6AA287 - 336290 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7AA337 - 367340 - 370
8X-RAY DIFFRACTION8AA368 - 380371 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9BB-1 - 452 - 48
10X-RAY DIFFRACTION10BB46 - 16549 - 168
11X-RAY DIFFRACTION11BB166 - 213169 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12BB214 - 259217 - 262
13X-RAY DIFFRACTION13BB260 - 293263 - 296
14X-RAY DIFFRACTION14BB294 - 304297 - 307
15X-RAY DIFFRACTION15BB305 - 328308 - 331
16X-RAY DIFFRACTION16BB336 - 379339 - 382

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る