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万見
- PDB-3cw2: Crystal structure of the intact archaeal translation initiation f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cw2
タイトルCrystal structure of the intact archaeal translation initiation factor 2 from Sulfolobus solfataricus .
要素
  • Translation initiation factor 2 subunit alpha
  • Translation initiation factor 2 subunit beta
  • Translation initiation factor 2 subunit gamma
キーワードTRANSLATION / AIF2 / INTACT AIF2 / INITIATION FACTOR 2 ALPHA SUBUNIT / INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT / INITIATION FACTOR 2 GAMMA SUBUNIT / INITIATION OF THE TRANSLATION / Initiation factor / Protein biosynthesis / RNA-binding / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / translational initiation / ribosome binding / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 ...EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / S1 domain profile. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stolboushkina, E.A. / Nikonov, S.V. / Nikulin, A.D. / Blaesi, U. / Manstein, D.J. / Fedorov, R.V. / Garber, M.B. / Nikonov, O.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the intact archaeal translation initiation factor 2 demonstrates very high conformational flexibility in the alpha- and beta-subunits.
著者: Stolboushkina, E. / Nikonov, S. / Nikulin, A. / Blasi, U. / Manstein, D.J. / Fedorov, R. / Garber, M. / Nikonov, O.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
C: Translation initiation factor 2 subunit alpha
D: Translation initiation factor 2 subunit alpha
K: Translation initiation factor 2 subunit beta
L: Translation initiation factor 2 subunit beta
E: Translation initiation factor 2 subunit gamma
F: Translation initiation factor 2 subunit gamma
G: Translation initiation factor 2 subunit alpha
H: Translation initiation factor 2 subunit alpha
M: Translation initiation factor 2 subunit beta
N: Translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,89712
ポリマ－368,89712
非ポリマー00
水00
1
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
C: Translation initiation factor 2 subunit alpha
K: Translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2243
ポリマ－92,2243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area42710 Å2
手法PISA
2
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
D: Translation initiation factor 2 subunit alpha
L: Translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2243
ポリマ－92,2243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area34770 Å2
手法PISA
3
E: Translation initiation factor 2 subunit gamma
G: Translation initiation factor 2 subunit alpha
M: Translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2243
ポリマ－92,2243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area43930 Å2
手法PISA
4
F: Translation initiation factor 2 subunit gamma
H: Translation initiation factor 2 subunit alpha
N: Translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2243
ポリマ－92,2243
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.200, 162.920, 161.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma / aIF2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 4 / 断片: aIF2gamma subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2g, SSO0412 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: タンパク質
Translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha / aIF2-alpha


分子量: 30432.355 Da / 分子数: 4 / 断片: aIF2alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2a, SSO1050 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97Z79
#3: タンパク質
Translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta / aIF2-beta


分子量: 15942.740 Da / 分子数: 4 / 断片: aIF2beta subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: eif2b, SSO2381 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W59
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 0.72M sodium formate, 9% PEG 8000, 9% PEG 1000, 1% monomethyl ether polyethylene glycol 5000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月16日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.459
反射解像度: 2.8→19.913 Å / Num. all: 98811 / Num. obs: 95812 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PLF

2plf


解像度: 2.8→19.9118 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4941 -RANDOM
Rwork0.225 ---
all-98811 --
obs-95812 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23824 0 0 0 23824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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