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- PDB-3cvy: Drosophila melanogaster (6-4) photolyase bound to repaired ds DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvy
タイトルDrosophila melanogaster (6-4) photolyase bound to repaired ds DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')
  • RE11660p
キーワードLyase/DNA / DNA repair / Lyase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / RE11660p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maul, M.J. / Barends, T.R.M. / Glas, A.F. / Cryle, M.J. / Schlichting, I. / Carell, T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and mechanism of a DNA (6-4) photolyase.
著者: Maul, M.J. / Barends, T.R. / Glas, A.F. / Cryle, M.J. / Domratcheva, T. / Schneider, S. / Schlichting, I. / Carell, T.
履歴
登録2008年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')
A: RE11660p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8764
ポリマ－72,0903
非ポリマー7861
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.360, 88.840, 86.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DT)-3')


分子量: 4650.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DG)-3')


分子量: 4529.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 RE11660p


分子量: 62910.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: phr64-520 / プラスミド: derived from pDEST007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami pLysS (DE-3) / 参照: UniProt: Q8SXK5
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 20-25% PEG1500, 0.1 M MIB buffer, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MIB buffer11
2MIB buffer12
3PEG150012

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 17459 / Num. obs: 17459 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 58.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345softwareデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 13.273 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26585 886 4.9 %RANDOM
Rwork0.21247 ---
all0.21511 17285 --
obs0.21511 17285 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---3.46 Å20 Å2
3---3.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 609 53 9 4781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224973
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1122.1216882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77639686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8085500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16422.976205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4615723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3731535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.024993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.24330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.22546
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.53276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0421.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51424071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61933160
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.124.52811
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 58 -
Rwork0.304 1245 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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