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- PDB-3cve: Crystal Structure of the carboxy terminus of Homer1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cve
タイトルCrystal Structure of the carboxy terminus of Homer1
要素Homer protein homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / coiled coil / Alternative splicing / Cell junction / Cytoplasm / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Synapse
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / neuron spine / protein localization to synapse / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / regulation of dendritic spine maintenance / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / regulation of calcium ion import / neuron spine / protein localization to synapse / costamere / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / excitatory synapse / postsynaptic cytosol / skeletal muscle contraction / behavioral response to cocaine / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / skeletal muscle fiber development / dendritic shaft / response to nicotine / protein tetramerization / response to cocaine / circadian rhythm / Z disc / response to calcium ion / apical part of cell / scaffold protein binding / molecular adaptor activity / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1700 / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homer protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hayashi, M.K. / Stearns, M.H. / Giannini, V. / Xu, R.-M. / Sala, C. / Hayashi, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The postsynaptic density proteins Homer and Shank form a polymeric network structure.
著者: Hayashi, M.K. / Tang, C. / Verpelli, C. / Narayanan, R. / Stearns, M.H. / Xu, R.M. / Li, H. / Sala, C. / Hayashi, Y.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月7日Group: Refinement description
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 40 MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ... MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W.DAVIS,V.B.CHEN, : R.M.IMMORMINO,J.J.HEADD,W.B.ARENDALL,J.M.WORD URL : HTTP://KINEMAGE.BIOCHEM.DUKE.EDU/MOLPROBITY/ AUTHORS : I.W.DAVIS,A.LEAVER-FAY,V.B.CHEN,J.N.BLOCK, : G.J.KAPRAL,X.WANG,L.W.MURRAY,W.B.ARENDALL, : J.SNOEYINK,J.S.RICHARDSON,D.C.RICHARDSON REFERENCE : MOLPROBITY: ALL-ATOM CONTACTS AND STRUCTURE : VALIDATION FOR PROTEINS AND NUCLEIC ACIDS : NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2007;35:W375-83.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homer protein homolog 1
B: Homer protein homolog 1
C: Homer protein homolog 1
D: Homer protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8574
ポリマ－33,8574
非ポリマー00
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-91.8 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
2
A: Homer protein homolog 1
B: Homer protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9282
ポリマ－16,9282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-16.4 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
3
C: Homer protein homolog 1
D: Homer protein homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9282
ポリマ－16,9282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.014, 62.508, 57.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Homer protein homolog 1 / PSD-Zip45 / VASP/Ena-related gene up-regulated during seizure and LTP


分子量: 8464.209 Da / 分子数: 4 / 断片: Coiled-coil region, UNP residues 302-366 / 変異: L308M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Homer1, Homer, Vesl / プラスミド: pET15a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z214
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 297 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 0.1 M ammonium sulfate, 16% PEG1000, 10% glycerol, pH 6.0, hanging drop, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9794,0.9801,0.9600
検出器タイプ: Quantum-4 ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.98011
30.961
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 26705 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.75-1.813.10.19696.4
1.81-1.893.10.16298.4
1.89-1.973.80.1398.7
1.97-2.073.40.09599
2.07-2.23.40.08199.2
2.2-2.383.50.06899.5
2.38-2.613.50.06199.3
2.61-2.993.40.05499.6
2.99-3.773.40.04998.7
3.77-503.20.0590.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 1.75→7.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 3.638 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.16
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1337 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.22 26692 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→7.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 0 269 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3022.0072870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6985257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97326.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01315487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4021516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1021.51361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61922068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3573875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0744.5802
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 93 -
Rwork0.231 1783 -
obs--97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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