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- PDB-3cuc: CRYSTAL STRUCTURE OF A FIC DOMAIN CONTAINING SIGNALING PROTEIN (B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cuc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A FIC DOMAIN CONTAINING SIGNALING PROTEIN (BT_2513) FROM BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 AT 2.71 A RESOLUTION
要素Protein of unknown function with a Fic domain
キーワードSIGNALING PROTEIN / FIC PROTEIN FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fido domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Protein of Unknown Function with a Fic Domain (NP_811426.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.71 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein of unknown function with a Fic domain
B: Protein of unknown function with a Fic domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1482
ポリマ-67,1482
非ポリマー00
00
1
A: Protein of unknown function with a Fic domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5741
ポリマ-33,5741
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein of unknown function with a Fic domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5741
ポリマ-33,5741
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.725, 138.725, 120.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B
191A
201B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYS1AA4 - 75 - 8
21SERSERLYSLYS1BB4 - 75 - 8
32LEULEUPHEPHE1AA9 - 3110 - 32
42LEULEUPHEPHE1BB9 - 3110 - 32
53LEULEUTHRTHR1AA33 - 5234 - 53
63LEULEUTHRTHR1BB33 - 5234 - 53
74GLUGLUGLNGLN1AA72 - 10973 - 110
84GLUGLUGLNGLN1BB72 - 10973 - 110
95VALVALSERSER4AA129 - 148130 - 149
105VALVALSERSER4BB129 - 148130 - 149
116TYRTYRSERSER1AA149 - 222150 - 223
126TYRTYRSERSER1BB149 - 222150 - 223
137ASPASPILEILE1AA224 - 231225 - 232
147ASPASPILEILE1BB224 - 231225 - 232
158HISHISASPASP4AA233 - 245234 - 246
168HISHISASPASP4BB233 - 245234 - 246
179GLYGLYLEULEU1AA246 - 251247 - 252
189GLYGLYLEULEU1BB246 - 251247 - 252
1910ASPASPSERSER1AA253 - 280254 - 281
2010ASPASPSERSER1BB253 - 280254 - 281

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要素

#1: タンパク質 Protein of unknown function with a Fic domain


分子量: 33573.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / : VPI-5482 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / 遺伝子: NP_811426.1, BT_2513 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A4T4
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 1-290 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: NANODROP, 15.1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97954, 0.97882
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979541
30.978821
反射解像度: 2.71→29.273 Å / Num. obs: 36830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 59.078 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.71-2.785.70.970.81541527060.97100
2.78-2.865.70.8920.91474625930.892100
2.86-2.945.70.7411461325740.74100
2.94-3.035.70.561.41414924880.56100
3.03-3.135.70.4371.71361623910.437100
3.13-3.245.70.3562.11337323510.356100
3.24-3.365.70.2732.81273222430.273100
3.36-3.55.70.213.61228821640.21100
3.5-3.655.70.1784.31193121020.178100
3.65-3.835.70.1435.31128519900.143100
3.83-4.045.60.1156.51068418950.115100
4.04-4.285.60.1096.71018118070.109100
4.28-4.585.60.0967.5958217010.096100
4.58-4.955.60.0878887215850.087100
4.95-5.425.60.0838.5819214680.083100
5.42-6.065.60.0878.3744913380.087100
6.06-75.50.0789.2652511820.078100
7-8.575.40.05711.5550410120.057100
8.57-12.125.30.0471342678060.047100
12.12-29.2734.80.0528.820974340.05293.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.71→29.273 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 20.215 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.238
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. DENSITY FOR LOOP RESIDUES A133-154 IS POOR AND MODEL IS BUILT BASED ON NCS. 4. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. DENSITY FOR LOOP RESIDUES A133-154 IS POOR AND MODEL IS BUILT BASED ON NCS. 4. SOLVENTS WERE NOT MODELED DUE TO LIMITED RESOLUTION. THERE ARE UNMODELED DENSITIES (LIKELY SOLVENTS) NEAR THE PUTATIVE ACTIVE SITE (AROUND HIS 192).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1840 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 36802 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20.54 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→29.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4221 0 0 0 4221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0211.9665855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80837095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.855527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00624.703202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4815748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2121520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.22767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06732704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.20131066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86954244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37481843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.041111610
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
2762TIGHT POSITIONAL0.030.05
324MEDIUM POSITIONAL0.450.5
2762TIGHT THERMAL0.181
324MEDIUM THERMAL0.462
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 142 -
Rwork0.328 2563 -
all-2705 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2763-0.6207-0.72041.51920.08930.160.09750.7228-0.054-0.11240.11540.20630.0064-0.4889-0.2128-0.01650.10370.01350.49130.13180.024722.365964.368921.0885
21.1664-0.1195-0.41760.7113-0.26991.5133-0.0037-0.0993-0.0690.13030.01660.0989-0.1135-0.1603-0.0128-0.221-0.01510.0015-0.2096-0.0012-0.202262.122851.695625.4737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 2825 - 283
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 2855 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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