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万見
- PDB-3cu4: OmcF, Outer membrance cytochrome F from Geobacter sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cu4
タイトルOmcF, Outer membrance cytochrome F from Geobacter sulfurreducens
要素Cytochrome c family protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6 / Geobacter sulfurreducens / monoheme cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Outer membrane cytochrome c, OmcF, from Geobacter sulfurreducens: High structural similarity to an algal cytochrome c(6).
著者: Pokkuluri, P.R. / Londer, Y.Y. / Wood, S.J. / Duke, N.E. / Morgado, L. / Salgueiro, C.A. / Schiffer, M.
履歴
登録2008年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2862
ポリマ－8,6701
非ポリマー6161
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.080, 40.190, 48.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c family protein


分子量: 8669.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
遺伝子: GSU2432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21 (DE3) cotransformed with plasmid pEC86
参照: UniProt: Q74AE4
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 1.2 M trisodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.5 (Salt Rx screen-22), microseeding, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 33541 / Num. obs: 33541 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 42.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.31 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 617 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 134653.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE FOLLOWING SIDE CHAIN ATOMS HAVE WEAK DENSITY AND ARE PROBABLY DISORDERED: HIS47:CD2,ND1,CE1,NE2 GLU49:CD,OE1,OE2 ARG56:NE,CZ,NH1,NH2 LYS94:CE,NZ GLU97:CD,OE1,OE2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 3243 9.7 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 33541 94.8 %-
all-33541 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2274 Å2 / ksol: 0.413536 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.13 Å0.12 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数579 0 43 116 738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 461 10.3 %
Rwork0.176 4007 -
obs-4007 76.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hem.paramhem.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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