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万見
- PDB-3cti: RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF SQUASH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cti
タイトルRELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF SQUASH TRYPSIN INHIBITOR
要素TRYPSIN INHIBITOR
キーワードPROTEINASE INHIBITOR (TRYPSIN)
機能・相同性Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Trypsin inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種Cucurbita maxima (クリカボチャ)
手法溶液NMR
データ登録者Nilges, M. / Habazettl, J. / Bruenger, A.T. / Holak, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Relaxation matrix refinement of the solution structure of squash trypsin inhibitor.
著者: Nilges, M. / Habazettl, J. / Brunger, A.T. / Holak, T.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Determination of the Complete Three-Dimensional Structure of the Trypsin Inhibitor from Squash Seeds in Aqueous Solution by Nuclear Magnetic Resonance and a Combination of Distance ...タイトル: Determination of the Complete Three-Dimensional Structure of the Trypsin Inhibitor from Squash Seeds in Aqueous Solution by Nuclear Magnetic Resonance and a Combination of Distance Geometry and Dynamical Simulated Annealing
著者: Holak, T.A. / Gondol, D. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Solution and X-Ray Structures of Squash Trypsin Inhibitor Exhibit the Same Conformation of the Proteinase Binding Loop
著者: Holak, T.A. / Bode, W. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: 1H NMR Assignments of Sidechain Conformations in Proteins Using a High-Dimensional Potential in the Simulated Annealing Calculations
著者: Habazettl, J. / Cieslar, C. / Oschkinat, H. / Holak, T.A.
履歴
登録1991年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01992年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2801
ポリマ－3,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR


分子量: 3279.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cucurbita maxima (クリカボチャ)
参照: UniProt: P01074
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
SQUASH位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
DISGEOHAVEL,WUTHRICH精密化
X-PLORBRUNGER精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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