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万見
- PDB-3ct6: Crystal structure of DhaM of L. lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ct6
タイトルCrystal structure of DhaM of L. lactis
要素PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, phosphotransferase subunit dhaM
キーワードTRANSFERASE / mixed alpha beta structure / Glycerol metabolism / Kinase / Phosphotransferase system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / glycerol catabolic process / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase phosphotransferase subunit, N-terminal domain / Dihydroxyacetone kinase phosphotransferase subunit DhaM / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component superfamily / PTS system fructose IIA component / PTS_EIIA type-4 domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, phosphotransferase subunit DhaM
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Zurbriggen, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: X-ray Structures of the Three Lactococcus lactis Dihydroxyacetone Kinase Subunits and of a Transient Intersubunit Complex.
著者: Zurbriggen, A. / Jeckelmann, J.M. / Christen, S. / Bieniossek, C. / Baumann, U. / Erni, B.
履歴
登録2008年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, phosphotransferase subunit dhaM
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, phosphotransferase subunit dhaM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9572
ポリマ－28,9572
非ポリマー00
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-16.5 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.600, 62.400, 69.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, phosphotransferase subunit dhaM / Phosphotransferase enzyme IIA component / PTS system EIIA component


分子量: 14478.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: dhaM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9CIV6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 289 K / pH: 2.8
詳細: 200 mM NaNO3, 20 % PEG 3350, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.79997
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.79997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→40 Å / Num. obs: 97245 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.489 % / Biso Wilson estimate: 12.936 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.41
反射 シェル解像度: 1.1→1.136 Å / 冗長度: 2.218 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 90.77

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Os35.6620.5660.8760.0470.369
2Os34.8950.5840.8910.4670.36
3Os48.8250.9040.690.3580.203

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.1→40 Å / Num. parameters: 20985 / Num. restraintsaints: 26479 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 1987 2 %RANDOM
all0.1462 97245 --
obs0.1468 -93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 17.891 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 1943.92 / Occupancy sum non hydrogen: 2190.46
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4201 0 0 255 4456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0275
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.147
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.065

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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