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- PDB-3ct4: Structure of Dha-kinase subunit DhaK from L. Lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ct4
タイトルStructure of Dha-kinase subunit DhaK from L. Lactis
要素PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
キーワードTRANSFERASE / PTS dependent / dihydroxyacetone kinase subunit / tranferase / covalently linked 2HA / Glycerol metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / glycerone kinase activity / glycerol catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroxyacetone / PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Jeckelmann, J.M. / Zurbriggen, A. / Christen, S. / Baumann, U. / Erni, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: X-ray Structures of the Three Lactococcus lactis Dihydroxyacetone Kinase Subunits and of a Transient Intersubunit Complex.
著者: Zurbriggen, A. / Jeckelmann, J.M. / Christen, S. / Bieniossek, C. / Baumann, U. / Erni, B.
履歴
登録2008年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年5月8日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1116
ポリマ－108,8413
非ポリマー2703
水6,575365
1
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7414
ポリマ－72,5612
非ポリマー1802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
手法PISA
2
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7414
ポリマ－72,5612
非ポリマー1802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_434x-y-1,-y-2,-z-1/31
手法PISA
3
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7414
ポリマ－72,5612
非ポリマー1802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PISA
4
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子

B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,22312
ポリマ－217,6826
非ポリマー5406
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_545y,x-1,-z1
crystal symmetry operation3_544-x+y,-x-1,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_434x-y-1,-y-2,-z-1/31
Buried area16510 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area65840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.802, 107.802, 142.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUVALVALCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA4 - 1124 - 112
12ASNASNGLUGLUCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA114 - 116114 - 116
13ALAALAVALVALCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA118 - 140118 - 140
14THRTHRGLYGLYCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA146 - 148146 - 148
15ARGARGPROPROCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA150 - 199150 - 199
16ASPASPTRPTRPCHAIN A AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...AA210 - 331210 - 331
21GLUGLUVALVALCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB4 - 1124 - 112
22ASNASNGLUGLUCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB114 - 116114 - 116
23ALAALAVALVALCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB118 - 140118 - 140
24THRTHRGLYGLYCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB146 - 148146 - 148
25ARGARGPROPROCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB150 - 199150 - 199
26ASPASPTRPTRPCHAIN B AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...BB210 - 331210 - 331
31GLUGLUVALVALCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC4 - 1124 - 112
32ASNASNGLUGLUCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC114 - 116114 - 116
33ALAALAVALVALCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC118 - 140118 - 140
34THRTHRGLYGLYCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC146 - 148146 - 148
35ARGARGPROPROCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC150 - 199150 - 199
36ASPASPTRPTRPCHAIN C AND (RESSEQ 4:112 OR RESSEQ 114:116 OR RESSEQ...CC210 - 331210 - 331

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.998703, -0.046347, 0.021075), (-0.045524, -0.998241, -0.037983), (0.022798, 0.036975, -0.999056)-3.12291, -122.758003, -45.002701
3given(-0.603888, 0.797008, -0.009904), (-0.797052, -0.60391, 0.000936), (-0.005235, 0.00846, 0.999951)103.728996, -69.230698, -46.678398
詳細There are three monomers in the asymmetric unit. The biological assembly is a dimer. These three dimers are generated by the following operations: (i) Y,X,-Z (ii) X-Y,-Y,-Z +2/3 +(0 -1 -1) (iii) Y,X,-Z +(-1 -1 0)

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要素

#1: タンパク質 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK


分子量: 36280.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: lacI(q), oriR ColE1, kan, pT7, N-/C-term. hexahistidine tag
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
株: IL 1403 / 遺伝子: dhaK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q9CIV8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 糖 ChemComp-2HA / Dihydroxyacetone / ジヒドロキシアセトン


タイプ: saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
配列の詳細AUTHOR STATES THAT RESIDUE 59 (UNP NUMBERING) SHOULD BE GLU INSTEAD OF LYS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05 M TRIS/HCl, 0.2 M NH4Cl, 0.01 M CaCl2, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.79997 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日
放射モノクロメーター: Double crystal Si[111], horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.79997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 36223 / Num. obs: 36223 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Num. unique all: 2850 / Χ2: 0.922 / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UOD

1uod


解像度: 2.498→44.372 Å / FOM work R set: 0.775 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1714 5.13 %Random
Rwork0.2 ---
all0.204 33435 --
obs0.2038 33435 98.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.644 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 4.72 Å2 / Biso mean: 38.86 Å2 / Biso min: 425.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.753 Å20 Å2-0 Å2
2---1.753 Å20 Å2
3----1.512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→44.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 18 365 7703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91310026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0692763
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2370X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
12B2370X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
13C2370X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.498-2.5720.361460.2492416256291
2.572-2.6550.2941350.2426252760100
2.655-2.750.3521300.2382649277999
2.75-2.860.3851210.22426402761100
2.86-2.990.281450.2022647279299
2.99-3.1470.2731580.1962608276699
3.147-3.3450.2731480.1912633278199
3.345-3.6030.2461420.17626842826100
3.603-3.9650.2241600.1652636279699
3.965-4.5380.2071290.14927002829100
4.538-5.7160.221660.15827092875100
5.716-44.3790.2481340.2112774290897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05250.0398-0.07290.48030.1039-0.01140.12420.1444-0.0361-0.1386-0.02850.0132-0.12980.0305-0.07790.2577-0.0288-0.010.1592-0.01060.084240.4426-39.8858-41.4583
20.90320.1881-0.21370.0296-0.16240.09480.0932-0.1256-0.14150.1379-0.0281-0.03660.08540.065-0.06830.25910.0174-0.00160.2445-0.01010.123336.284-49.6236-31.2914
30.8858-0.39940.16330.82420.05650.54420.0514-0.30720.03870.2440.03980.01050.17370.0664-0.06440.2182-0.0146-0.00540.1861-0.01050.053334.9133-44.9011-16.7447
40.8388-0.15260.63641.9846-0.22660.0893-0.1311-0.4310.00270.38440.26580.17090.10340.1068-0.08760.34280.04020.00770.2393-0.06550.157839.8203-84.6161-5.7783
51.8421-0.57161.09470.7072-0.61281.08510.0703-0.4360.0512-0.31790.12030.1141-0.3449-0.1219-0.1530.3188-0.0618-0.0150.1306-0.07230.310636.351-74.3117-15.6542
61.27910.0509-0.08991.0142-0.63890.82180.17910.08390.1772-0.05470.01750.337-0.24160.0874-0.16470.32330.006-0.04780.1334-0.0060.326235.0858-78.4375-30.3887
70.25810.31830.94820.33160.13370.6641-0.09560.3113-0.0332-0.27460.1289-0.0101-0.063-0.0475-0.02440.2042-0.05390.06070.27840.01710.088714.808-68.10985.8799
80.37380.22480.15390.6545-0.33521.3880.03440.12730.0262-0.1015-0.0563-0.1245-0.16550.21830.00520.1812-0.01040.01950.2833-0.00850.087124.9417-65.614716.0326
90.54730.13440.54631.3258-0.22460.9148-0.0134-0.0464-0.09380.1277-0.0379-0.0935-0.09230.15340.05930.1043-0.0150.03130.21860.03320.079922.0088-69.28830.639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 12:120A12 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 121:220A121 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 221:331A221 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 12:120B12 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 121:220B121 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 221:331B221 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESID 12:120C12 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND RESID 121:220C121 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 221:331C221 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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