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- PDB-3csw: Crystal structure of a putative branched-chain amino acid aminotr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3csw
タイトルCrystal structure of a putative branched-chain amino acid aminotransferase (TM0831) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution
要素Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / TM0831 / Putative Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal ...Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Unknown ligand / Probable branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase (TM0831) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
D: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,08824
ポリマ－131,0484
非ポリマー2,04020
水11,187621
1
A: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子

A: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,39826
ポリマ－131,0484
非ポリマー2,35022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-49.4 kcal/mol
Surface area40980 Å2
手法PISA
2
C: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
D: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子

C: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
D: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,77722
ポリマ－131,0484
非ポリマー1,72918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y,-z+1/21
Buried area10340 Å2
ΔGint-55.9 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.710, 129.760, 298.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-481-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISILE4AA0 - 27312 - 285
21HISILE4CC0 - 27312 - 285
12HISILE4BB0 - 27312 - 285
22HISILE4DD0 - 27312 - 285
13PLPPLP1AI3001
23PLPPLP1CN3001

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT


分子量: 32761.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM0831, ilvE / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41
参照: UniProt: P74921, branched-chain-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 6種, 641分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT RESULTS IN A PRESENCE OF VALINE AT POSITION 1 WHEN EXPRESSED AS A FUSION WITH THE PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.03
詳細: NANODROP, 52.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Citric acid pH 4.03, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97961, 0.97975
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979611
30.979751
反射解像度: 2.15→29.748 Å / Num. obs: 111860 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.759 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.94
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.230.6571.24067621162192.5
2.23-2.320.5471.54238221866198.9
2.32-2.420.4321.94022520646199
2.42-2.550.3122.64322822103198.6
2.55-2.710.2273.74255021676198.4
2.71-2.920.16454282621685198.2
2.92-3.210.10284212821249197.8
3.21-3.670.05513.94263421343197.3
3.67-4.610.03222.94276921196196.5
4.61-29.7480.02429.14323321163194.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.471 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. DENSITY FOR LOOP RESIDUES A/B/C/D 59-62 IS POOR. 4. CITRATE, CL, MPD MOLECULES FROM ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. DENSITY FOR LOOP RESIDUES A/B/C/D 59-62 IS POOR. 4. CITRATE, CL, MPD MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO SOLUTION ARE MODELED. 5. RESIDUAL DENSITIES IN THE ACTIVE SITES WERE MODELED AS UNKNOWN LIGANDS (UNL).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 5612 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.168 111840 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8737 0 145 621 9503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.98312576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.029315247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.14451136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40523.446415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.186151534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3181568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.26338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24696
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1740.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.85935752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.51632219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93159066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.71983968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.78113490
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3655MEDIUM POSITIONAL0.250.5
1A3655MEDIUM THERMAL0.92
2B3618MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2B3618MEDIUM THERMAL0.922
3A20TIGHT POSITIONAL0.020.05
3A20TIGHT THERMAL0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 401 -
Rwork0.257 7542 -
all-7943 -
obs--95.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7244-0.09840.26841.224-0.16791.22870.05580.0536-0.0748-0.19-0.00630.2070.1518-0.1589-0.0495-0.0502-0.0183-0.0590.03770.0006-0.051131.872921.265120.6444
21.66530.1153-0.16380.4988-0.1560.3973-0.0011-0.2175-0.30460.068-0.0234-0.04850.08370.06650.0245-0.03090.0226-0.0307-0.01420.0757-0.020254.45277.445343.9161
30.79570.1432-0.43310.3467-0.09481.05230.04960.05260.11570.0375-0.02140.0009-0.04430.0614-0.0282-0.0681-0.01560.0216-0.0720.0294-0.027315.295321.278563.1321
41.29080.05690.42360.7665-0.48771.01370.03370.19590.084-0.09280.04230.14460.04760.0606-0.076-0.04030.0202-0.0343-0.06190.03-0.0571-8.4399-1.320749.7294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 27312 - 285
2X-RAY DIFFRACTION1AI3001
3X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 27312 - 285
4X-RAY DIFFRACTION3CC-1 - 27311 - 285
5X-RAY DIFFRACTION3CN3001
6X-RAY DIFFRACTION4DD0 - 27312 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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