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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cry | ||||||
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タイトル | Gamma-glutamyl cyclotransferase | ||||||
![]() | Gamma-glutamyl cyclotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / enzyme / cyclotransferase / gamma-glutamyl / oxoproline | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-glutamylcyclotransferase / gamma-glutamylcyclotransferase activity / Glutathione synthesis and recycling / release of cytochrome c from mitochondria / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oakley, A.J. / Board, P.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The identification and structural characterization of C7orf24 as gamma-glutamyl cyclotransferase. An essential enzyme in the gamma-glutamyl cycle 著者: Oakley, A.J. / Yamada, T. / Liu, D. / Coggan, M. / Clark, A.G. / Board, P.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21028.705 Da / 分子数: 2 / 変異: E98Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95361 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→70.19 Å / Num. all: 38869 / Num. obs: 38628 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 13.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5449 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2RBH 解像度: 1.7→22.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.05 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / σ(I): -1 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.957 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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