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万見
- PDB-3crx: CRE RECOMBINASE/DNA COMPLEX INTERMEDIATE I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crx
タイトルCRE RECOMBINASE/DNA COMPLEX INTERMEDIATE I
要素
  • (DNA 35-MER) x 4
  • CRE RECOMBINASE
キーワードHYDROLASE / LIGASE/DNA / CRE RECOMBINASE / HOLLIDAY JUNCTION / RECOMBINATION / RECOMBINASE-DNA COMPLEX / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gopaul, D.N. / Guo, F. / Vanduyne, G.D.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structure of the Holliday junction intermediate in Cre-loxP site-specific recombination.
著者: Gopaul, D.N. / Guo, F. / Van Duyne, G.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of Cre Recombinase Complexed with DNA in a Site-Specific Recombination Synapse
著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録1998年6月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA 35-MER
D: DNA 35-MER
E: DNA 35-MER
F: DNA 35-MER
A: CRE RECOMBINASE
B: CRE RECOMBINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1706
ポリマ－120,1706
非ポリマー00
水4,252236
1
C: DNA 35-MER
D: DNA 35-MER
E: DNA 35-MER
F: DNA 35-MER
A: CRE RECOMBINASE
B: CRE RECOMBINASE

C: DNA 35-MER
D: DNA 35-MER
E: DNA 35-MER
F: DNA 35-MER
A: CRE RECOMBINASE
B: CRE RECOMBINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,34012
ポリマ－240,34012
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)106.300, 122.700, 179.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#1: DNA鎖 DNA 35-MER


分子量: 10758.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA 35-MER


分子量: 10718.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA 35-MER


分子量: 10758.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA 35-MER


分子量: 10799.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 238分子 AB

#5: タンパク質 CRE RECOMBINASE / CRE-HJ1 / RGBPP1 RECOMBINASE


分子量: 38567.152 Da / 分子数: 2 / Mutation: R173K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06956
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE STRUCTURE REPRESENTED IN THIS ENTRY CONTAINS TWO CRE MOLECULES AND FOUR DNA STRANDS. THE DNA IN ...THE STRUCTURE REPRESENTED IN THIS ENTRY CONTAINS TWO CRE MOLECULES AND FOUR DNA STRANDS. THE DNA IN THIS STRUCTURE HAS TWO-FOLD DISORDER IN THE 4 BP REGIONS ADJACENT TO THE BRANCH POINTS IN EACH A ARM AND IN SINGLE BASE PAIR LOCATED WITHIN THE CRE BINDING SITE. THE OCCUPANCIES OF ATOMS THESE DISORDERED REGIONS HAVE BEEN SET TO 0.5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 50MM ACETATE PH 5.0, 26% MPD, 80MM MGCL2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.065 MCre1drop
20.081 MloxS6 half-site1drop
325 mMsodium acetate1drop
412.5 %MPD1drop
55 mM1dropCaCl2
6120 mM1dropNaCl
72.5 mMdithiothreitol1drop
80.5 mMspermine1drop
950 mMsodium acetate1reservoir
1024 %MPD1reservoir
1120 mM1reservoirCaCl2
12200 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48 Å / Num. obs: 38807 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.329

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 1CRX

1crx


解像度: 2.5→27.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1940 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 36470 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4873 1405 0 361 6639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.41.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 188 5 %
Rwork0.344 3426 -
obs--74.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.95
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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