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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3crm | ||||||
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タイトル | Structure of tRNA Dimethylallyltransferase: RNA Modification through a Channel | ||||||
要素 | tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, R.H. / Xie, W. / Zhou, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structure of tRNA Dimethylallyltransferase: RNA Modification through a Channel 著者: Xie, W. / Zhou, C. / Huang, R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3crm.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3crm.ent.gz | 43.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3crm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3crm_validation.pdf.gz | 425.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3crm_full_validation.pdf.gz | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3crm_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3crm_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3crm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3crm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35844.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: miaA / プラスミド: pLM-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUL9, EC: 2.5.1.8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 6000, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日 | |||||||||||||||
放射 |
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放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 26417 / Num. obs: 25202 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / FOM work R set: 0.877 / σ(F): 1
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溶媒の処理 | Bsol: 43.373 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.767 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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