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- PDB-3cqi: Crystal Structure of L-xylulose-5-phosphate 3-epimerase UlaE (for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cqi
タイトルCrystal Structure of L-xylulose-5-phosphate 3-epimerase UlaE (form B) complex with sulfate
要素L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE
キーワードISOMERASE / TIM-barrel / phosphate-binding motif / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase / L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase activity / intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses / L-ascorbic acid catabolic process
類似検索 - 分子機能
L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase / L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase, Enterobacteriaceae / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase UlaE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Structure of L-xylulose-5-Phosphate 3-epimerase (UlaE) from the anaerobic L-ascorbate utilization pathway of Escherichia coli: identification of a novel phosphate binding motif within a TIM barrel fold.
著者: Shi, R. / Pineda, M. / Ajamian, E. / Cui, Q. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2008年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE
B: L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9626
ポリマ－66,5782
非ポリマー3844
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-59.8 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.522, 132.529, 82.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE / L-xylulose-5- phosphate 3-epimerase / L-ascorbate utilization protein E


分子量: 33288.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ulaE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XDI5, L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Li2SO4, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 31993 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1850.40727080.965183.1
2.18-2.266.10.38931070.995195.1
2.26-2.377.10.33131940.991197.6
2.37-2.497.50.24932110.999198.2
2.49-2.657.60.18632110.999198.3
2.65-2.857.60.13632611.002198.6
2.85-3.147.60.09132491198.7
3.14-3.597.60.05432921.001198.9
3.59-4.527.50.03433231.001199.2
4.52-507.10.02834371.001198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3CQH

3cqh


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.319 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1620 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 31975 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4376 0 20 186 4582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9586086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7055552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85623.846221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.44115783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6611538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6811.52845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08824394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6431927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5324.51689
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 101 -
Rwork0.235 1850 -
all-1951 -
obs--81.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4712-0.09370.04340.8725-0.21640.416-0.0163-0.05350.02670.1435-0.0043-0.0643-0.04290.0280.0207-0.0050.0165-0.0233-0.0279-0.0061-0.049325.227658.802722.8861
20.41170.22660.08830.7924-0.02360.6737-0.02520.0302-0.0228-0.03310.0187-0.07510.11110.06860.0065-0.01260.03980.029-0.056-0.0128-0.017931.653442.5056-1.0387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 280
2X-RAY DIFFRACTION1A285
3X-RAY DIFFRACTION1A286
4X-RAY DIFFRACTION1A287
5X-RAY DIFFRACTION2B16 - 28
6X-RAY DIFFRACTION2B31 - 228
7X-RAY DIFFRACTION2B231 - 281
8X-RAY DIFFRACTION2B285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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