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万見
- PDB-3cqf: Crystal structure of anthrolysin O (ALO) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cqf
タイトルCrystal structure of anthrolysin O (ALO)
要素Thiol-activated cytolysin
キーワードTOXIN / Anthrolysin O / cytolysin / Anthrax
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / cholesterol binding / : / toxin activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #20 / Perfringolysin / HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain ...Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #20 / Perfringolysin / HIV-1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 3 / Thiol-activated cytolysin superfamily/Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain / Perfringolysin, domain 4 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Glutaredoxin / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthrolysin O/cereolysin O family cholesterol-dependent cytolysin / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bourdeau, R.W. / Malito, E. / Tang, W.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Cellular Functions and X-ray Structure of Anthrolysin O, a Cholesterol-dependent Cytolysin Secreted by Bacillus anthracis
著者: Bourdeau, R.W. / Malito, E. / Chenal, A. / Bishop, B.L. / Musch, M.W. / Villereal, M.L. / Chang, E.B. / Mosser, E.M. / Rest, R.F. / Tang, W.J.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-activated cytolysin
B: Thiol-activated cytolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1292
ポリマ－108,1292
非ポリマー00
水48627
1
A: Thiol-activated cytolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0641
ポリマ－54,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol-activated cytolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0641
ポリマ－54,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.740, 141.749, 294.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTYRTYRAA46 - 40223 - 379
21LYSLYSTYRTYRBB46 - 40223 - 379
32SERSERHISHISAA403 - 512380 - 489
42SERSERHISHISBB403 - 512380 - 489

-
要素

#1: タンパク質 Thiol-activated cytolysin


分子量: 54064.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / プラスミド: pProEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81N62, UniProt: A0A6L7HHW7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5M Sodium formate, 0.1M Hepes, 0.01M Taurine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 53120 / Num. obs: 52355 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PFO

1pfo


解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 15.84 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2624 5 %RANDOM
Rwork0.268 ---
all0.27 53120 --
obs0.27 50234 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7074 0 0 27 7101
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9399848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4975920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.15825.759316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.652151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9931520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7311.54618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37927482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43632598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5794.52366
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3537 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.010.05
TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 164 -
Rwork0.377 3539 -
all-3703 -
obs--95.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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