PDB-3cqd: Structure of the tetrameric inhibited form of phosphofructokinase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cqd

タイトル

Structure of the tetrameric inhibited form of phosphofructokinase-2 from Escherichia coli

要素

6-phosphofructokinase isozyme 2

キーワード

TRANSFERASE / Phosphofructokinases / Pfk-2 / Escherichia coli / Glycolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-6-phosphate kinase activity / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycolytic process / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Ambrosio, A.L. / Cabrera, R. / Caniuguir, A. / Garratt, R.C. / Babul, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystallographic structure of phosphofructokinase-2 from Escherichia coli in complex with two ATP molecules. Implications for substrate inhibition.
著者: Cabrera, R. / Ambrosio, A.L. / Garratt, R.C. / Guixe, V. / Babul, J.

履歴

登録	2008年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cqd.cif.gz	249.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cqd.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cqd_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cqd_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3cqd_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	3cqd_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2abqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3umo-1 3ump-1 3uqe-1 3g5i-d 6gw5-d 1yoe-4 6p9u-d 3hjc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphofructokinase isozyme 2

B: 6-phosphofructokinase isozyme 2

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-phosphofructokinase isozyme 2

B: 6-phosphofructokinase isozyme 2

ヘテロ分子

A: 6-phosphofructokinase isozyme 2

B: 6-phosphofructokinase isozyme 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.822, 86.834, 171.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	6-phosphofructokinase isozyme 2 / Phosphofructokinase-2 分子量: 32486.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Histidine-tag fusion / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET21-d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06999, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	DISTANCE OF C-N BOND BETWEEN RESIDUE B GLU 122 AND RESIDUE B GLU 123 IS 1.02A. DISTANCE OF C-N BOND ...DISTANCE OF C-N BOND BETWEEN RESIDUE B GLU 122 AND RESIDUE B GLU 123 IS 1.02A. DISTANCE OF C-N BOND BETWEEN RESIDUE B GLU 123 AND RESIDUE B GLN 124 IS 1.15A.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 0.1 M sodium acetate, 12% PEG 6000, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.438 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.438 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→20 Å / Num. all: 46352 / Num. obs: 43478 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.302 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABQ

2abq

解像度: 1.98→14.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 6.402 / SU ML: 0.109 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23377	2190	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18637	-	-	-
obs	0.18881	41174	95.92 %	-
all	-	42925	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.153 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→14.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4535	0	128	463	5126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	2.014	6485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.501	5	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.644	25.48	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.136	15	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.688	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.017	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.546	1.5	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.932	2	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.702	3	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.746	4.5	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.983→2.034 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	125	-
R_work	0.226	2534	-
obs	-	-	81.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9706	-0.8648	-0.6361	2.2168	1.3184	2.2219	-0.0022	-0.2236	0.0174	0.0941	0.1872	-0.2685	0.0331	0.0749	-0.1851	0.0035	0.0124	0.0145	0.0526	0.0024	0.0063	19.2479	46.7391	20.2281
2	0.5952	1.1257	0.5505	4.7954	-0.6772	2.4756	-0.1217	-0.0802	-0.1556	0.0666	0.0065	-0.4177	0.0707	0.2783	0.1152	0.0362	0.0629	0.0075	0.1006	-0.0109	0.0169	19.7306	53.9862	30.6535
3	0.3966	-0.6314	-0.7794	1.3189	0.7787	3.8682	-0.1158	-0.135	-0.0951	0.0582	0.1198	-0.0564	0.1036	0.0246	-0.004	0.0244	0.0301	0.0403	0.0436	-0.0028	0.0167	13.6299	47.4356	25.6488
4	2.1305	-1.0434	-0.1221	3.5952	-0.9348	2.748	-0.1359	-0.2689	-0.0992	0.4074	0.3452	0.3668	-0.1674	-0.6233	-0.2092	0.0576	0.101	0.0837	0.2483	0.0564	-0.0108	3.0243	60.999	32.0239
5	2.4461	-0.173	0.0115	1.9989	-1.4187	4.4345	-0.0619	-0.1518	0.1287	0.1492	0.2625	0.3588	-0.3014	-0.6318	-0.2007	0.0244	0.055	0.023	0.0941	0.0446	0.0457	3.0953	70.5807	15.7488
6	1.9171	0.5501	-0.0418	3.8411	-1.2268	4.014	-0.0219	0.0387	0.1085	0.0543	0.0176	-0.1508	-0.2508	0.1648	0.0043	0.0156	0.0057	-0.0104	0.0613	-0.0143	0.017	17.9315	69.4114	18.0981
7	4.6126	1.3099	-0.7571	4.0361	-2.0478	5.001	0.0021	-0.1644	0.1522	0.0871	-0.0402	-0.3521	-0.2475	0.2116	0.0381	0.0188	-0.021	-0.0241	0.0595	-0.0307	0.0204	23.9784	70.8055	17.3179
8	22.0649	-0.3867	16.796	20.1289	3.991	13.6979	0.0044	-1.0548	-1.4936	0.8358	-0.1014	-0.0113	1.5001	-1.5956	0.097	0.2702	-0.0578	0.0838	0.082	0.1073	0.0208	15.4971	6.8162	25.2365
9	0.1836	-0.4094	-0.097	2.3571	-0.4034	0.4429	-0.0893	-0.1024	-0.0052	0.199	0.1886	0.1557	-0.0098	-0.0946	-0.0992	0.0213	0.01	0.0292	0.0311	0.0119	-0.0139	12.1675	29.4851	20.4784
10	0.5713	-1.2513	1.0679	3.5351	-2.3639	3.4598	-0.1169	-0.1529	0.0557	0.1576	0.1057	-0.0155	-0.0115	-0.0866	0.0112	0.0325	0.0318	0.0397	0.0557	0.0018	0.012	13.8365	31.5742	20.1094
11	0.9767	-0.2824	0.065	1.7962	0.4206	1.5701	-0.0354	-0.2024	-0.0644	0.3165	0.1437	-0.2976	0.127	0.2563	-0.1083	0.0509	0.0397	-0.0642	0.0531	-0.0032	0.0528	28.2762	17.5077	20.9192
12	2.3439	-0.5542	0.6765	1.7342	-1.3181	4.3636	0.0189	0.0753	-0.1158	-0.0921	-0.0421	-0.3119	0.0977	0.3939	0.0233	0.0392	-0.0068	0.0023	0.0215	-0.0248	0.0984	29.3569	12.04	1.939
13	1.9202	0.7837	-0.4941	1.8255	0.9214	1.9854	0.0108	-0.0307	-0.1364	-0.0028	0.0007	0.084	0.0751	-0.1259	-0.0114	0.0229	-0.0075	-0.0005	0.0181	0.0121	0.034	16.4851	10.7889	5.9893
14	4.5673	0.3763	1.0521	3.7651	0.6225	4.1919	-0.016	-0.0604	0.0483	-0.0469	-0.0198	0.4717	-0.0543	-0.2676	0.0358	0.0263	-0.024	0.0147	0.0478	0.0173	0.0686	7.8985	13.8277	6.7677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 35	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	36 - 75	36 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	76 - 121	76 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	122 - 177	122 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	178 - 237	178 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	238 - 272	238 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	273 - 309	273 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1 - 5	1 - 5
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	6 - 75	6 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	76 - 104	76 - 104
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	105 - 197	105 - 197
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	198 - 229	198 - 229
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	230 - 273	230 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	274 - 308	274 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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