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- PDB-3cq3: Structure of the DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase related protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cq3
タイトルStructure of the DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase related protein (other form) from Thermus Thermophilus HB8
要素Putative uncharacterized protein TTHB138
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thermus Thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MIP18 family-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Sekar, K. / Satoh, S. / Kitamura, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase related protein (other form) from Thermus Thermophilus HB8
著者: Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Sekar, K. / Satoh, S. / Kitamura, Y. / Yokoyama, S. / Kurmamitsu, S.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TTHB138
B: Putative uncharacterized protein TTHB138
C: Putative uncharacterized protein TTHB138
D: Putative uncharacterized protein TTHB138
E: Putative uncharacterized protein TTHB138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,08623
ポリマ－57,4755
非ポリマー1,61118
水6,990388
1
A: Putative uncharacterized protein TTHB138
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein TTHB138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,97210
ポリマ－22,9902
非ポリマー9828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-30.7 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein TTHB138
C: Putative uncharacterized protein TTHB138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,59110
ポリマ－22,9902
非ポリマー6018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-27.6 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
3
D: Putative uncharacterized protein TTHB138
E: Putative uncharacterized protein TTHB138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5098
ポリマ－22,9902
非ポリマー5196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-24.4 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.122, 175.122, 99.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein TTHB138 / DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase


分子量: 11495.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53W28

-
非ポリマー , 5種, 406分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 % / 解説: The file contains friedel pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 18% PEG400, 0.1M Na Acetate, 0.1M Magnesium Chloride , pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月14日 / 詳細: RH Coated Bent-Cyrindrical MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 82251 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.089
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CU6

2cu6


解像度: 2.1→43.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 694419.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The file contains friedel pairs
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4000 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 82194 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6255 Å2 / ksol: 0.372384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.73 Å20 Å20 Å2
2---4.73 Å20 Å2
3---9.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3850 0 103 388 4341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 424 4.5 %
Rwork0.25 9034 -
obs--88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligand.paramligand.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater_protin.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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