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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cq3 | ||||||
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タイトル | Structure of the DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase related protein (other form) from Thermus Thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein TTHB138 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Thermus Thermophilus / DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MIP18 family-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Sekar, K. / Satoh, S. / Kitamura, Y. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the DTDP-4-Keto-L-Rhamnose Reductase related protein (other form) from Thermus Thermophilus HB8 著者: Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Sekar, K. / Satoh, S. / Kitamura, Y. / Yokoyama, S. / Kurmamitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cq3.cif.gz | 121.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cq3.ent.gz | 93.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cq3_validation.pdf.gz | 700.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cq3_full_validation.pdf.gz | 714.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cq3_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cq3_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cq3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2cu6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 11495.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53W28 |
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-非ポリマー , 5種, 406分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-P6G / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 % / 解説: The file contains friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 18% PEG400, 0.1M Na Acetate, 0.1M Magnesium Chloride , pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月14日 / 詳細: RH Coated Bent-Cyrindrical MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 82251 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CU6 解像度: 2.1→43.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 694419.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The file contains friedel pairs
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6255 Å2 / ksol: 0.372384 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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