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- PDB-3cpc: Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cpc
タイトルCrystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE / receptor tyrosine kinase / angiogenesis / ATP-binding / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immunoglobulin domain / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


blood vessel endothelial cell differentiation / cellular response to hydrogen sulfide / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development / endocardium development ...blood vessel endothelial cell differentiation / cellular response to hydrogen sulfide / regulation of bone development / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endothelium development / endocardium development / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endothelial cell differentiation / positive regulation of vasculogenesis / mesenchymal cell proliferation / lymph vessel development / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / anchoring junction / positive regulation of positive chemotaxis / embryonic hemopoiesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / lung alveolus development / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / semaphorin-plexin signaling pathway / : / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cell fate commitment / calcium ion homeostasis / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / cell migration / integrin binding / cell junction / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C52 / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Long, A.M. / Rose, P. / Gu, Y. / Zhao, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Discovery of Aryl Aminoquinazoline Pyridones as Potent, Selective, and Orally Efficacious Inhibitors of Receptor Tyrosine Kinase c-Kit.
著者: Hu, E. / Tasker, A. / White, R.D. / Kunz, R.K. / Human, J. / Chen, N. / Burli, R. / Hungate, R. / Novak, P. / Itano, A. / Zhang, X. / Yu, V. / Nguyen, Y. / Tudor, Y. / Plant, M. / Flynn, S. / ...著者: Hu, E. / Tasker, A. / White, R.D. / Kunz, R.K. / Human, J. / Chen, N. / Burli, R. / Hungate, R. / Novak, P. / Itano, A. / Zhang, X. / Yu, V. / Nguyen, Y. / Tudor, Y. / Plant, M. / Flynn, S. / Xu, Y. / Meagher, K.L. / Whittington, D.A. / Ng, G.Y.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
B: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3624
ポリマ－72,5692
非ポリマー7932
水2,036113
1
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6812
ポリマ－36,2851
非ポリマー3961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6812
ポリマ－36,2851
非ポリマー3961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.361, 66.865, 89.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.352, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase receptor Flk-1 / CD309 antigen


分子量: 36284.586 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 940-989 DELETED / 変異: C817A, V916T, E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-C52 / 3-(2-aminoquinazolin-6-yl)-4-methyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyridin-2(1H)-one


分子量: 396.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15F3N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細TYR1054 AND TYR1059 WERE PHOSPHORYLATED BY AN AUTOPHOSPHORYLATION REACTION RUN ON THE PROTEIN PRIOR ...TYR1054 AND TYR1059 WERE PHOSPHORYLATED BY AN AUTOPHOSPHORYLATION REACTION RUN ON THE PROTEIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION. THE PHOSPHORYLATED TYR IS REPRESENTED BY PTR, PHOSPHONOTYROSINE, PTR1054 AND PTR1059. THESE RESIDUES ARE PART OF THE KINASE ACTIVATION LOOP AND THEY ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND CONSEQUENTLY NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 25592 / Num. obs: 24082 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2526 / Χ2: 1.011 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 17.089 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.563 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.307
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1422 5.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 24161 --
obs-22627 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20.33 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4409 0 58 113 4580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00745840.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.93362041.977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9855385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39520323.054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86980015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4843115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0616710.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00234390.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.16219920.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.29530920.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1121840.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.133460.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.166110.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.57428272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it143983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.67720713
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.07718064.5
LS精密化 シェル解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 103 -
Rwork0.265 1631 -
obs--94.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2190.01850.06550.1251-0.00310.0065-0.0249-0.057-0.0345-0.03910.0143-0.0198-0.00290.00730.0106-0.02770.001-0.0147-0.0257-0.0216-0.01634.701836.337232.706
22.01560.96830.4121.23240.26090.9448-0.13340.09440.0928-0.1790.0016-0.0620.1252-0.01480.13190.0130.01690.0538-0.09320.0082-0.085520.28562.243112.4638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A820 - 1178
2X-RAY DIFFRACTION2B820 - 1165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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