PDB-3coo: The crystal structure of Reelin-N domain of F-spondin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3coo

タイトル

The crystal structure of Reelin-N domain of F-spondin

要素

Spondin-1

キーワード

CELL ADHESION / F-spondin / reelin-N domain / Extracellular matrix / Glycoprotein / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / positive regulation of protein processing / extracellular matrix structural constituent / LBD domain binding / negative regulation of amyloid-beta formation / extracellular matrix / protein processing / cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, K. / Lawler, J. / Wang, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the heparin-binding reelin-N domain of f-spondin.
著者: Tan, K. / Duquette, M. / Liu, J.H. / Lawler, J. / Wang, J.H.

履歴

登録	2008年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3coo.cif.gz	68.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3coo.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3coo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3coo_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3coo_full_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示
XML形式データ	3coo_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	3coo_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3coo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/3coo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6y30-2 5xz8-d 2cx4-2 5xza-d 5xz6-d 6tsn-d 6frh-d 4esj-2 2qjw-2 5j63-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spondin-1

B: Spondin-1

41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.605, 58.605, 219.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-212- HOH
2	1	B-221- HOH

詳細

Domain is a monomer in solution. Chains A and B may form a low affinity and fast off rate dimer.

#1: タンパク質	Spondin-1 / F-spondin / Vascular smooth muscle cell growth-promoting factor 分子量: 20498.869 Da / 分子数: 2 / 断片: Reelin-N domain (UNP residues 29-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Homo sapiens / プラスミド: pMT/BiP V5-HisA / 細胞株 (発現宿主): S2 cell 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q9HCB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Spondin-1 / F-spondin / Vascular smooth muscle cell growth-promoting factor

分子量: 20498.869 Da / 分子数: 2 / 断片: Reelin-N domain (UNP residues 29-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Homo sapiens / プラスミド: pMT/BiP V5-HisA / 細胞株 (発現宿主): S2 cell
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9HCB6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 30% (W/V) PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月16日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. all: 26814 / Num. obs: 26814 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 36.58
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2485 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→40.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 8.458 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24111	1346	5 %	RANDOM
R_work	0.20586	-	-	-
all	0.20762	25408	-	-
obs	0.20762	25408	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.928 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	0	153	2397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.764	1.967	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.491	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.642	22.456	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.698	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.267	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.181	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.146	1.5	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.822	2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.854	3	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.255	4.5	859
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	80	-
R_work	0.23	1721	-
obs	-	1801	92.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.772	-0.0057	-0.3183	3.0529	2.3846	3.6921	0.0213	-0.1769	-0.0466	0.193	-0.0208	0.1276	0.1845	-0.1209	-0.0006	-0.3357	-0.0039	0.0025	0.0274	-0.181	-0.197	16.834	47.516	36.251
2	3.4267	-0.3498	-0.3315	3.1233	2.288	3.6705	-0.1604	-0.4039	-0.0711	0.2043	-0.029	-0.0289	0.4369	-0.1133	0.1894	-0.2706	-0.0273	0.0651	-0.0633	-0.1289	-0.2022	15.529	24.122	13.96

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	39 - 185	17 - 163
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	42 - 185	20 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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