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- PDB-3coj: Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3coj
タイトルCrystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1
要素
  • Acetyl-CoA carboxylase 1
  • Breast cancer type 1 susceptibility protein
キーワードANTITUMOR PROTEIN/LIGASE / Breast Cancer / Ovarian Cancer / Fatty Acid Biosynthesis / lipid synthesis / Obesity / Protein-peptide complex / Protein Protein interaction / Anti-oncogene / Cell cycle / Disease mutation / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger / Alternative promoter usage / ATP-binding / Biotin / Ligase / Manganese / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / ANTITUMOR PROTEIN-LIGASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / acetyl-CoA carboxylase / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency ...histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / acetyl-CoA carboxylase / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / negative regulation of centriole replication / Biotin transport and metabolism / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / random inactivation of X chromosome / malonyl-CoA biosynthetic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / acetyl-CoA metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / ubiquitin-modified histone reader activity / chordate embryonic development / acetyl-CoA carboxylase activity / cellular response to indole-3-methanol / gamma-tubulin ring complex / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / ChREBP activates metabolic gene expression / DNA strand resection involved in replication fork processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / homologous recombination / lateral element / tissue homeostasis / protein K6-linked ubiquitination / Carnitine shuttle / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of DNA damage checkpoint / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / centrosome cycle / RNA polymerase binding / postreplication repair / DNA repair complex / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / intracellular membraneless organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / lipid homeostasis / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ubiquitin ligase complex / regulation of DNA repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein autoubiquitination / Meiotic synapsis / tubulin binding / positive regulation of DNA repair / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / male germ cell nucleus / cellular response to ionizing radiation / chromosome segregation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / negative regulation of cell growth / RING-type E3 ubiquitin transferase / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Metalloprotease DUBs / fibrillar center / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of angiogenesis / fatty acid biosynthetic process / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / double-strand break repair / actin cytoskeleton / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Neddylation / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / protein homotetramerization / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / transcription coactivator activity
類似検索 - 分子機能
Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / BRCT domain ...Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / BRCT domain / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / ATP-grasp fold, subdomain 1 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 1 susceptibility protein / Acetyl-CoA carboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Shen, Y. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural evidence for direct interactions between the BRCT domains of human BRCA1 and a phospho-peptide from human ACC1
著者: Shen, Y. / Tong, L.
履歴
登録2008年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.classification / _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Breast cancer type 1 susceptibility protein
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
D: Breast cancer type 1 susceptibility protein
E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
F: Breast cancer type 1 susceptibility protein
G: Breast cancer type 1 susceptibility protein
H: Acetyl-CoA carboxylase 1
I: Acetyl-CoA carboxylase 1
J: Acetyl-CoA carboxylase 1
K: Acetyl-CoA carboxylase 1
L: Acetyl-CoA carboxylase 1
M: Acetyl-CoA carboxylase 1
N: Acetyl-CoA carboxylase 1
O: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,94516
ポリマ－225,94516
非ポリマー00
水00
1
X: Breast cancer type 1 susceptibility protein
H: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
2
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
I: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-8.6 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
3
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
J: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
4
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
K: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Breast cancer type 1 susceptibility protein
L: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
6
E: Breast cancer type 1 susceptibility protein
M: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
7
F: Breast cancer type 1 susceptibility protein
N: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
G: Breast cancer type 1 susceptibility protein
O: Acetyl-CoA carboxylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2432
ポリマ－28,2432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.330, 181.513, 194.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11X
21A
31B
41C
51D
61E
71F
81G
12H
22I
32J
42K
52L
62M
72N
82O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPROXA1648 - 185924 - 235
21LYSLYSPROPROAB1648 - 185924 - 235
31LYSLYSPROPROBC1648 - 185924 - 235
41LYSLYSPROPROCD1648 - 185924 - 235
51ARGARGPROPRODE1649 - 185925 - 235
61ARGARGPROPROEF1649 - 185925 - 235
71ARGARGPROPROFG1649 - 185925 - 235
81LYSLYSPROPROGH1648 - 185924 - 235
12PROPROGLYGLYHI1261 - 12704 - 13
22PROPROGLYGLYIJ1261 - 12704 - 13
32PROPROGLYGLYJK1261 - 12704 - 13
42PROPROGLYGLYKL1261 - 12704 - 13
52PROPROGLYGLYLM1261 - 12704 - 13
62PROPROPROPROMN1261 - 12674 - 10
72GLNGLNPHEPHENO1262 - 12665 - 9
82PROPROPROPROOP1261 - 12674 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Breast cancer type 1 susceptibility protein / RING finger protein 53


分子量: 26833.805 Da / 分子数: 8 / 断片: BRCT1 and BRCT2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA1, RNF53 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Star (DE3) / 参照: UniProt: P38398
#2: タンパク質・ペプチド
Acetyl-CoA carboxylase 1 / ACC-alpha


分子量: 1409.347 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 1258-1270 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized human ACC1 peptide with Ser1263 phosphorylated.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q13085, acetyl-CoA carboxylase
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97905 / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 44707 / Num. obs: 42426 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.7876
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.843 / Num. unique all: 3981 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnBTHEN SOLVE/RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JNX

1jnx


解像度: 3.21→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 77.017 / SU ML: 0.575 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3075 2249 5 %RANDOM
Rwork0.25713 ---
obs0.2597 42426 91.56 %-
all-44707 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13867 0 0 0 13867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02214199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9319246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20751699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54723.696644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.39215.0492429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3751588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.26509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.29399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1381.58796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.244214001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.30536118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5254.55245
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12X1633medium positional0.590.5
13A1633medium positional0.650.5
14B1633medium positional0.640.5
15C1633medium positional0.590.5
16D1633medium positional0.680.5
17E1633medium positional0.610.5
18F1633medium positional0.60.5
11G1633medium positional0.60.5
22H44medium positional0.360.5
23I44medium positional0.470.5
24J44medium positional0.370.5
25K44medium positional0.350.5
26L44medium positional0.570.5
27M44medium positional0.620.5
28N44medium positional0.720.5
22O44medium positional0.820.5
12X1633medium thermal0.212
13A1633medium thermal0.192
14B1633medium thermal0.222
15C1633medium thermal0.212
16D1633medium thermal0.152
17E1633medium thermal0.152
18F1633medium thermal0.172
11G1633medium thermal0.172
22H44medium thermal0.22
23I44medium thermal0.242
24J44medium thermal0.432
25K44medium thermal0.132
26L44medium thermal0.152
27M44medium thermal0.122
28N44medium thermal0.172
22O44medium thermal0.262
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.297 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 137 -
Rwork0.368 2370 -
obs-2370 71.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1641-0.38443.11293.2091-1.229211.34350.03540.2076-0.1394-0.00250.1498-0.02620.3333-0.0472-0.1852-0.2807-0.1346-0.1056-0.57860.0685-0.232414.25-20.134-22.312
22.40111.5303-0.09419.2122-2.78655.0932-0.1756-0.06570.06550.43010.06810.0063-0.3927-0.45570.1076-0.04690.2262-0.2316-0.32790.0073-0.410817.9082.2552.922
33.663-2.60450.19738.39430.63952.6954-0.2283-0.10830.40260.24170.0431-0.4627-0.08050.14970.1852-0.07320.1268-0.1012-0.35590.0449-0.53135.835-22.70525.142
42.1639-0.10831.11544.86041.88939.8292-0.24230.04340.08650.22910.21880.35880.10410.18440.0235-0.39040.10370.2109-0.4770.1206-0.277336.18-49.8146.457
57.34790.8483-0.10581.68460.19952.3647-0.20580.2156-0.5312-0.2996-0.1403-1.11050.56740.56120.34610.2865-0.00240.20750.10830.36740.438840.527-19.174-45.633
68.9444-0.85982.7560.3504-0.99242.8881-0.17040.53830.1848-0.36960.2442-0.337-0.14140.9553-0.07380.2751-0.0322-0.23640.1667-0.36180.471563.214-0.84128.002
77.41561.99351.69294.9333-0.2975.4473-0.3491-0.05670.01391.00360.69740.7942-0.5993-1.1226-0.34840.92950.70810.0334-0.14530.0424-0.1306-0.74829.867-3.705
84.7521-2.0263-1.25255.8583-0.39884.1594-0.4402-0.19140.27840.51740.1875-1.3789-0.11230.97760.25270.52770.1402-0.5262-0.0925-0.12210.210526.66446.718-23.483
913.7702-2.1544-1.821615.7838-0.18970.2555-2.0493-2.30211.15531.39860.76910.6077-1.2759-1.73391.28010.37320.0319-0.06390.096-0.0553-0.09115.686-14.851-16.96
105.2131-3.90491.910117.14766.41735.03051.9208-0.84660.4429-1.1457-0.38852.20411.0834-2.0592-1.53230.28750.1366-0.10980.00470.08190.141412.8948.76611.166
1114.411513.7649-22.350745.4439-14.809335.9875-1.20222.90063.78961.8501-4.3158-4.24890.2982.98255.5180.0572-0.0889-0.29330.0336-0.03850.015227.706-27.70732.122
126.32623.43241.50816.67544.304821.5481.3294-1.0905-1.31870.9807-1.11190.88740.0428-1.4704-0.2174-0.04-0.20150.15730.20490.08050.062730.69-58.6351.914
1359.846425.052-50.992163.6514-15.177346.95391.2495-0.05680.7351-3.262-1.03182.2169-0.2646-0.8267-0.21780.5215-0.3371-0.35670.30930.02220.060836.284-7.601-42.867
1430.92813.085-24.138339.449332.780650.47343.4587-3.2812-3.30244.31571.0651-0.37031.52470.0456-4.52380.73190.0265-0.44230.12130.25150.429958.701-5.01439.414
1596.90211.678321.406879.8136-4.788947.02122.4167-2.7479-1.43830.9159-4.4141-0.6739-0.74560.48091.99740.50310.23870.0287-0.0799-0.2147-0.0745-3.55242.455-1.518
16153.83252.4709-73.618242.6651-33.855542.40083.8472.97382.15612.22640.35011.8069-1.7043-0.3133-4.1970.56880.2091-0.35520.0832-0.01910.411230.22850.188-11.473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA1649 - 185925 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2AB1649 - 185925 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3BC1649 - 185925 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4CD1649 - 185925 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5DE1649 - 185925 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6EF1649 - 185925 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7FG1649 - 185925 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8GH1649 - 185925 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9HI1261 - 12704 - 13
10X-RAY DIFFRACTION10IJ1261 - 12704 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11JK1261 - 12704 - 13
12X-RAY DIFFRACTION12KL1258 - 12701 - 13
13X-RAY DIFFRACTION13LM1261 - 12704 - 13
14X-RAY DIFFRACTION14MN1261 - 12674 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15NO1262 - 12665 - 9
16X-RAY DIFFRACTION16OP1261 - 12674 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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